1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
GCATTGCGTAGACAGCCTATGACAGTTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaataaacagtattcttattgtgctttctgtgtgtgtgtttactcattagttacagatgttgtccactcttttcaagtatgttctccaggcagca...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g62020.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAACEST: gi|29660296|gb|CB656571.1|CB656571
genomic: TTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
EST: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAACEST: gi|86497479|gb|CI140112.1|CI140112
genomic: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
EST: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAACEST: gi|33796029|gb|CF323882.1|CF323882
genomic: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
EST: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAEST: gi|38476989|gb|CF961122.1|CF961122
genomic: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGA-GGGTGATCACATTGGCCCTTTCAA
EST: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAACEST: gi|88339631|gb|CI660421.1|CI660421
genomic: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
EST: TTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAACEST: gi|29628395|gb|CB633406.1|CB633406
genomic: TTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
EST: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAACEST: gi|86903696|gb|CI300550.1|CI300550
genomic: TTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
EST: TTTCAGTATGTTTCTGATCTG GTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
genomic: TTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaata ... tattttttagGTTGCTGGACTGATGGCTCTGATGGAGGGTGATCACATTGGCCCTTTCAAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCATTGCGTAGACAGCCTATGACAGTTTATGGTGATGGAAAACAAACTAGAAGTTTTCAGTATGTTTCTGATCTGgtaagcaataaacagtattcttattgtgctttctgtgtgtgtgtttactcattagttacagatgttgtccactcttttcaagtatgttctccaggcagca
- - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT