1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
ATTCAGAAATAGTTGCAATGATAAAAGAGTTGCTGGAGACTCGCATTCGACCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctatctctctcatgttcatgtgcagtgctgattttaagaattttaattgcatggtctcactatgatgatatcttttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g06330.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|29658152|gb|CB654427.1|CB654427
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|66912666|gb|CX099514.1|CX099514
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACACGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|9788921|gb|BE530931.1|BE530931
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: GGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|27920538|gb|CB096346.1|CB096346
genomic: GGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|29658153|gb|CB654428.1|CB654428
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|86506896|gb|CI149529.1|CI149529
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: ATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|29662375|gb|CB658650.1|CB658650
genomic: ATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCCEST: gi|33801514|gb|CF326629.1|CF326629
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
EST: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCC AGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
genomic: CCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctat ... atcttttcagAGAAACAGGGATAGTTAAGCTAAAAATGCAAGGTGCCTGCAGTGGATGTCC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTCAGAAATAGTTGCAATGATAAAAGAGTTGCTGGAGACTCGCATTCGACCAGCTGTTCAAGATGATGGTGGTGACATTGAATATCGAGGATTTGATCCgttagtctatctctctcatgttcatgtgcagtgctgattttaagaattttaattgcatggtctcactatgatgatatcttttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT