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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AACTTGTTGCAAAGCTTTACAAGCATACTTTGAAACGTTCTGAACTGAGAGATGAGCTCTTTGCACAGATTTCAAAACAAACACGTAACAATCCCGACAGgtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattatttgtacttacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g57140.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G070273_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AACTTGTTGCAAAGCTTTACAAGCATACTTTGAAACGTTCTGAACTGAGAGATGAGCTCTTTGCACAGATTTCAAAACAAACACGTAACAATCCCGACAGgtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattat-ttgtacttacag
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AATTTGTTGAGAAGCTCTACAAGCATACGTTAAAGCGTTCTGAACTTCGAGATGAACTCTTTGCACAGATTTCAAAACAAACACGTAACAATCCTGATAGgt--gagttgagcttctcatggatggcaagcatatgtg-tata-ccattgtaggaattatattttattgtacctgcag

upper sequence: LOC_Os04g57140.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G423861_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AACTTGTTGCAAAGCTTTACAAGCATACTTTGAAACGTTCTGAACTGAGAGATGAGCTCTTTGCACAGATTTCAAAACAAACACGTAACAATCCCGACAGgtatgaagcagatttctcatggatagcaattcgatgggatacaaccatcttatgaatgttattattt---gtacttacag
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AACTTGTTGCGAAGCTCTACAAGCATACGTTGAAGCGTTCTGAACTTCGAGATGAACTCTTTGCCCAGATTTCAAAACAAACACGTAACAATCCTGATAGgt--gagttgggcttctcatggatggccatcatatgtg-tacg-tcattgtaggaatcatatattttattgtatgtgcag