1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
AGCTGTTGGACTTTCGTTTTTCAGTTATGGGTTCACTAAAGTAGGGTCATGTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTAgtgagtatgcagtaaaccaacttgttaaatgcattgtaatattttgtgcaaataatgtcttaagctgatgatctgtctatttctgtgacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g63870.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTA TACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCGEST: gi|58658393|gb|CK047073.1|CK047073
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EST: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTA TACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCGEST: gi|58652789|gb|CK041469.1|CK041469
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EST: TATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTGGGTTATGTTTGCACTA TACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCGEST: gi|58654749|gb|CK043429.1|CK043429
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EST: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTA-TGATTGTTGTTATGTTTGCACTA TACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCGEST: gi|58656604|gb|CK045284.1|CK045284
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EST: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTA TACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCGEST: gi|58655477|gb|CK044157.1|CK044157
genomic: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTAgtgagtatgc ... tctgtgacagTACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCG
EST: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTA TACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCG
genomic: GTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTAgtgagtatgc ... tctgtgacagTACCTCCGAAAAGTAAAGTTATTTGGCTACCGGGTGTTTTTAATTTATGCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCTGTTGGACTTTCGTTTTTCAGTTATGGGTTCACTAAAGTAGGGTCATGTATAGAGATGGGCCTATTACAATTATTGATTGTTGTTATGTTTGCACTAgtgagtatgcagtaaaccaacttgttaaatgcattgtaatattttgtgcaaataatgtcttaagctgatgatctgtctatttctgtgacag
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