1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g23680.3 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|29658365|gb|CB654640.1|CB654640
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|163923267|gb|EG711076.1|EG711076
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|29657705|gb|CB653980.1|CB653980
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|29660019|gb|CB656294.1|CB656294
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|25807329|gb|CA763290.1|CA763290
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|157651885|gb|EX451519.1|EX451519
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAACTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATCEST: gi|86500098|gb|CI142731.1|CI142731
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
EST: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACG AAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
genomic: TTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcaca ... ttggctgcagAAAAATCATATATTCACATCTGGTGCTTCTGGGACTAATGCAGCTGTTATC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAACAGGGACCGCGGGCTATAGGTTTTTTTGGTACCCGTAACATGGGGTTTATGCATCAACAGCTTATTGAGATCCTGAGCTATGCTATGGTCATAACGgtatgtcacagagtcttatggtataatagttcttccaatatttgattcatgtactactctaattaatattatttgttggctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC