1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
ACTCCTGATAGTGCCAGATTAATGCTGCTCCGCCTTCACAGCCGATGGGTGGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgttttgtatgtatatctagaaacttttgaagaccgtcactagctgaaatttttttagatggaaatttgtgaattgattatcgcataactttacttgtacttcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g10600.1 |
intron # | 14 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|88249120|gb|CI248969.1|CI248969
genomic: CGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACTTGGAAGCCAEST: gi|3762886|gb|AU029638.1|AU029638
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|58676490|gb|CK065177.1|CK065177
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|218484530|gb|FG955871.1|FG955871
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|8860129|gb|AU097447.1|AU097447
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|29685401|gb|CB681676.1|CB681676
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|86425777|gb|CI070874.1|CI070874
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|218481588|gb|FG958598.1|FG958598
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|88958308|gb|CI095827.1|CI095827
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: CAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTNGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|29674853|gb|CB671128.1|CB671128
genomic: CAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|29616665|gb|CB621677.1|CB621677
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|58653914|gb|CK042594.1|CK042594
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTATCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|8858093|gb|AU095411.1|AU095411
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|58685945|gb|CK074632.1|CK074632
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|88974625|gb|CI022951.1|CI022951
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|3767528|gb|AU031622.1|AU031622
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|29685402|gb|CB681677.1|CB681677
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|58607867|gb|CK035900.1|CK035900
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|29289881|gb|CB483495.1|CB483495
genomic: GGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCAEST: gi|88961208|gb|CI096612.1|CI096612
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
EST: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAG GTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
genomic: GGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgtttt ... tgtacttcagGTGTTGAAGTTTCTCCACTTAGCTCTTATGCGGGAGAGAACCTGGAAGCCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ACTCCTGATAGTGCCAGATTAATGCTGCTCCGCCTTCACAGCCGATGGGTGGTAGCTGCAGGTGGCTTTTTGACTCATTCCGTGCCCTTGTATATGACAGgtaacgttttgtatgtatatctagaaacttttgaagaccgtcactagctgaaatttttttagatggaaatttgtgaattgattatcgcataactttacttgtacttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG