1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
AGCACTTCAAAACCAACCAATTGTCAATGCTGTCATTGATGGTGATGACATCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgatacgtactagtcctgtgttgaatccaaagatcatcctctgattgggttataagacatacatagtcactgtcatgtacatatccattttag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g32330.1 |
intron # | 11 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|55436812|gb|CV731566.1|CV731566
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|88993275|gb|CI257703.1|CI257703
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GTTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|13421244|gb|AU175188.1|AU175188
genomic: TATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GTTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|88976995|gb|CI257691.1|CI257691
genomic: TATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: ACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|58613350|gb|CK041062.1|CK041062
genomic: ACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATGAGCATGAACTTTGCGGAEST: gi|87021019|gb|CI271826.1|CI271826
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGAT-AACATGAACTTTGCGGA
EST: ATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|25806798|gb|CA762759.1|CA762759
genomic: ATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCEST: gi|11233501|gb|AU164913.1|AU164913
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|5701685|gb|AU062775.2|AU062775
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTNATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGNCEST: gi|55435262|gb|CV730762.1|CV730762
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGACEST: gi|58609985|gb|CK038018.1|CK038018
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
EST: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAG GGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
genomic: TCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgat ... tccattttagGGTCTTGTGGTGCCTGTTATCCGAGATGCTGATAACATGAACTTTGCGGAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGCACTTCAAAACCAACCAATTGTCAATGCTGTCATTGATGGTGATGACATCATATACAGAGACTATGTTGACATCAGTGTTGCTGTTGGTACTTCCAAGgtaacttgatacgtactagtcctgtgttgaatccaaagatcatcctctgattgggttataagacatacatagtcactgtcatgtacatatccattttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT