1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttatttgatcttttcctcttcttgctttctagtactagaatcttcaagttagttctgtgagactgaacaagttctccccttctttactgcatgc...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g48700.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGCEST: gi|88553435|gb|CI483548.1|CI483548
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGCEST: gi|88471935|gb|CI409206.1|CI409206
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGCEST: gi|66920525|gb|CX107373.1|CX107373
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: CGTCGCATTGATGAGAG-ATTCATGTTACAAGC-ATGC-AAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGG-ATGAAGAGGGCTTGCEST: gi|88995627|gb|CI022950.1|CI022950
genomic: CGTC-CATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGCEST: gi|88837201|gb|CI078561.1|CI078561
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAACGGCATGAAGAGGCCTTGCEST: gi|163926002|gb|EG709678.1|EG709678
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCT---EST: gi|88833767|gb|CI077248.1|CI077248
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
EST: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAG CACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
genomic: TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttat ... ggtcttgcagCACCAAGTGATGAGAAGACCGTGCCTATGGAATGGCATGAAGAGGCCTTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCCATTGATGAGAGTATTCATGTTACAAGCAATGCAAAGgtagagttatttgatcttttcctcttcttgctttctagtactagaatcttcaagttagttctgtgagactgaacaagttctccccttctttactgcatgc
- - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccccttc