Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGATTTAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAGgtagactaaatattgccaaatttccattctggccggcaactcattagtatttggtttttagcctttttatattggatgactacatgccattatggttctc...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os04g14654.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os04g14654.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G003734_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
GTGGATTTAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAGgtagactaaatattgccaaatttccattctggccggcaactcattagtatttggtttttagcctttttatattggatgactac-------atgccattatggttctc
|||||  | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||| |     |||   || |||||||||||||    || |||| || || || | | |  |  |||| | ||   ||   ||       | | ||| || |  || 
GTGGACATGGTAACACCAATGTGCTCTCAGTTGACGTATGAAGGCTTGTTGGATGAGgtaggc-----attagaaactttccattctggctta-aattcatgagcatgtgatctgtctctgttttctgttaagtgttaaccatggtaaagtcatcatagaact-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|163918486|gb|EG710288.1|EG710288
EST:     TAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAG                         ATGTTGCAAATAAACAATGGATC
genomic: TAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAGgtagactaaa ... tattctgcagATGTTGCAAATAAACAATGGATC
EST: gi|66928780|gb|CX115628.1|CX115628
EST:     TGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAG                         ATGTTGCAAATAAACAATGGATCTGTGGAGGTTGATGCCACTATTATGGGA
genomic: TGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAGgtagactaaa ... tattctgcagATGTTGCAAATAAACAATGGATCTGTGGAGGTTGATGCCACTATTATGGGA
EST: gi|33381625|gb|CF196968.1|CF196968
EST:     TAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAG                         ATGTTGCAAATAAACAATGGATCTGTGGAGGTTGATGCCACTATTATGGGA
genomic: TAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAGgtagactaaa ... tattctgcagATGTTGCAAATAAACAATGGATCTGTGGAGGTTGATGCCACTATTATGGGA
EST: gi|29641506|gb|CB646513.1|CB646513
EST:     TAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAG                         ATGTTGCAAATAAACAATGGATCTGTGGAGGTTGATGCCACTATTATGGGA
genomic: TAGTGACACCGATGTGCTCTCAGTTGACATATGAAGGTTTATTAGATGAGgtagactaaa ... tattctgcagATGTTGCAAATAAACAATGGATCTGTGGAGGTTGATGCCACTATTATGGGA