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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAGTAATTGAAGCACATTACTTGTTTGGAGCAAGCTATGACGATATTGAGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaaccttacaatatgctgtgctagtttttgcttgttaacaagcacacaaattctcactcatactgaatgacattacctacaagttgaaggcttgaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G10880.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G10880.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G379271_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGAAGTAATTGAAGCACATTACTTGTTTGGAGCAAGCTATGACGATATTGAGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaaccttacaatatgctgtgctagtttttgcttgttaacaagcacacaaattctcactcatactgaatgacattacctacaagttgaaggct---tgaa------
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AGAAGTTATTGAAGCACATTATTTATTTGGTGCTGAATATGATGACATTGAGATTGTGATTCACCCACAGTCTATCATACACTCTATGGTTGAAACCCAGgt--gagccctaaaccatagt-------tatatgtttactaaaaagcacatgttgaggtattctgcccagatgtagtgcttcgtacactgaaaaatatccaaacttaat

upper sequence: GLYMA16G10880.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G427511_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
AGAAGTAATTGAAGCACATTACTTGTTTGGAGCAAGCTATGACGATATTGAGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaaccttacaatatgctgtgctagtttttgcttgttaacaagcacacaaat-tctcactcatactgaatga--cattacctacaagttga--aggcttgaa
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AGAAGTTATTGAAGCACATTATTTATTTGGTGATGAATATGATGACATTGAGATTGTGATTCACCCACAGTCTATCATACACTCTATGGTTGAAACCCAGgt--gagccctaaaccata--gttatatgttttactaaaaagcacatgttgaggtattctgcccagatgtagtgcttcgtacactgaaacatatccaaacttaa-

upper sequence: GLYMA16G10880.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
lower sequence: PP1S73_243V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
AGAAGTAATTGAAGCACATTACTTGTTTGGAGCAAGCTATGACGATATTGAGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaaccttacaatatgctgtgctagtttttgcttgttaacaag---cacacaaattctcactca--tactgaatgacattacctacaag--ttgaaggcttgaa-----------------------------------------------
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GGAAGTGATTGAAGCCCATTATCTCTTCGGAGCTGATTACGATGATATTGATATTGTTGTTCATCCCCAATCAATTATTCATTCCATGGTGGAGACGCAGgtttatctcataatcaccgcagagaaattctttccaatcaaaccatgtttgaaagagttgttatttgattacagactggagtaacctttaacatttttcgatttggtcaaatggtttctgacttttgagatgatggatgtgacttgtctgatag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120492901|gb|EH221068.1|EH221068
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|26269443|gb|CA820506.1|CA820506
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGCTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAATTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|23064172|gb|BU578945.1|BU578945
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|8670372|gb|BE191479.1|BE191479
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGANACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209701660|gb|BW655881.1|BW655881
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|120494409|gb|EH222576.1|EH222576
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTAGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|27425931|gb|CA937451.1|CA937451
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209719035|gb|BW657927.1|BW657927
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|120497234|gb|EH225401.1|EH225401
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACA
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACA
EST: gi|120494155|gb|EH222322.1|EH222322
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|31309216|gb|CD394419.1|CD394419
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCAGACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|5606958|gb|AI901056.1|AI901056
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209729823|gb|BW658628.1|BW658628
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209704932|gb|BW661722.1|BW661722
EST:     GGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: GGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|8670440|gb|BE191547.1|BE191547
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|31308362|gb|CD393565.1|CD393565
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|21257379|gb|BQ454267.1|BQ454267
EST:     TTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: TTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|13790351|gb|BG652942.1|BG652942
EST:     TCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: TCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|17962913|gb|BM269669.1|BM269669
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209728935|gb|BW651725.1|BW651725
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCC-TGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|120493962|gb|EH222129.1|EH222129
EST:     AGATGGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACANTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|192313650|gb|FK010266.1|FK010266
EST:     AGATTGTTATTCGTCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|14205385|gb|BG839063.1|BG839063
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|13481915|gb|BG511258.1|BG511258
EST:     TTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAA                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: TTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|10844582|gb|BF067838.1|BF067838
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGGTATTGCACAGTTGCGGATACGTGACAAT-CGCTTACC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACA-TGCGCTTACC
EST: gi|192317997|gb|FK010247.1|FK010247
EST:     AGATTGTTATTCGTCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|120529157|gb|EH257291.1|EH257291
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAATTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209722139|gb|BW659330.1|BW659330
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209726626|gb|BW666544.1|BW666544
EST:     CATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: CATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209709051|gb|BW658767.1|BW658767
EST:     AGATTG-TATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|15288120|gb|BI472011.1|BI472011
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|9204784|gb|BE331008.1|BE331008
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|209721825|gb|BW666420.1|BW666420
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|22523177|gb|BU081988.1|BU081988
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|27424376|gb|CA935896.1|CA935896
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|16342534|gb|BI968129.1|BI968129
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|120493876|gb|EH222043.1|EH222043
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|8670132|gb|BE191239.1|BE191239
EST:     AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACC
EST: gi|10253580|gb|BE821346.1|BE821346
EST:     AGATTGTTATTCATNNTCAATCTATCATACATTNNNTGGTTGAAACGCAG                         GATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACNNGACATGCGCTTACCGCTC
genomic: AGATTGTTATTCATCCTCAATCTATCATACATTCCTTGGTTGAAACGCAGgtttaaacct ... ttcttttcagGATTCATCTGTTATTGCACAGTTGGGGATACCTGACATGCGCTTACCGCTC
EST: gi|9258778|gb|BE346925.1|BE346925
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