1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TTGAAAAGGCCAAGTATTACTACATTTCTGGCTTTTTCCTCACTGTATCTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatgatttgaacttggcattcctgttttactggcagtttttgagattaagtattctatttctgtatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G06580.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGTEST: gi|6454402|gb|AW185085.1|AW185085
genomic: CCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGGTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACCAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAEST: gi|298169113|gb|HO020473.1|HO020473
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAA
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGTEST: gi|12689938|gb|BG156274.1|BG156274
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGTEST: gi|193336544|gb|FK299032.1|FK299032
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGTEST: gi|12690012|gb|BG156348.1|BG156348
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTNTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGTEST: gi|151394548|gb|EV264419.1|EV264419
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAAGGGEST: gi|5606299|gb|AI900405.1|AI900405
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAA-GGG
EST: TCCTGANTCCATACCATTGGTTGCTNGA-CATGCAGCTGCACATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTATCTGCTCCCTTTATATGTGAGEST: gi|120531830|gb|EH259963.1|EH259963
genomic: TCCTGATTCCATACAATTGGTTGCT-GAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAG
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGTEST: gi|16348521|gb|BI974116.1|BI974116
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
EST: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAG ATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
genomic: CTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatg ... ctgtatgcagATCTTCATGATGAACCTTTCTGCTCCCTTTATATGTGAGTTCTTTAAGGGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGAAAAGGCCAAGTATTACTACATTTCTGGCTTTTTCCTCACTGTATCTCCTGATTCCATACAATTGGTTGCTGAACATGCAGCTGCAAATAACAAGgttagatatgatttgaacttggcattcctgttttactggcagtttttgagattaagtattctatttctgtatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC