1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttgaaaacctccaagtattaattccattgcttacaaaactatttaatgactattggtgcttaattaggtttaatcatatatagttctttttccctccttgttcaatttacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G47830.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|151401062|gb|EV270876.1|EV270876
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|254335877|gb|GR847405.1|GR847405
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|209712541|gb|BW684131.1|BW684131
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|254335741|gb|GR847269.1|GR847269
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|192309989|gb|FK002513.1|FK002513
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGGGAAGCTAAAEST: gi|208289861|gb|GE086279.1|GE086279
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: GGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|254335742|gb|GR847270.1|GR847270
genomic: GGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|209715175|gb|BW665652.1|BW665652
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|16348997|gb|BI974592.1|BI974592
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAAEST: gi|6726608|gb|AW310962.1|AW310962
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttgaaaacctccaagtattaattccattgcttacaaaactatttaatgactattggtgcttaattaggtttaatcatatatagttctttttccctccttgttcaatttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG