1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TATCCAGGTTCTTGGTAATGAGAAGGCCAGCAAGGAAGTATTCAACATCTCGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcattcatgccatgtcatatttaaggtgaccaatagaaagcagaaggaaaatgccttaatatgtcaagcaattaaatttgatacatgtattgtaatttttgtttattttggcattttccag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G38930.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|192311714|gb|FK003575.1|FK003575
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|20448825|gb|BQ252949.1|BQ252949
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|10238358|gb|BE807174.1|BE807174
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|31458918|gb|CD400946.1|CD400946
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120531868|gb|EH260001.1|EH260001
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120531132|gb|EH259265.1|EH259265
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTTAAGATTTTEST: gi|209718792|gb|BW671993.1|BW671993
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCGTTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120534655|gb|EH262788.1|EH262788
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|209719200|gb|BW665866.1|BW665866
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: ATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|214008768|gb|DB988261.1|DB988261
genomic: ATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|209721698|gb|BW682539.1|BW682539
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|209723822|gb|BW682959.1|BW682959
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|31468934|gb|CD410962.1|CD410962
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|17519549|gb|BM188591.1|BM188591
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|209708026|gb|BW657081.1|BW657081
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|9258206|gb|BE346353.1|BE346353
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAT GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|14206331|gb|BG840009.1|BG840009
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|213601855|gb|DB982580.1|DB982580
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: GGGAGATAAGTATGTCACCA-AAGTTGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|6134478|gb|AW132871.1|AW132871
genomic: GGGAGATAAGTATGTCA-CATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCCCAAGATCATACACTACAACCCTAAAGATTTEST: gi|213600050|gb|DB979755.1|DB979755
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGA-GATCATTCACTACAACCCTAAAGATTT
EST: TGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|209701641|gb|BW673127.1|BW673127
genomic: TGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: AAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|9258188|gb|BE346335.1|BE346335
genomic: AAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: GCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|209697178|gb|BW672943.1|BW672943
genomic: GCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCGAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120531334|gb|EH259467.1|EH259467
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120531252|gb|EH259385.1|EH259385
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120531009|gb|EH259142.1|EH259142
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|9258148|gb|BE346295.1|BE346295
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: GCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120530943|gb|EH259076.1|EH259076
genomic: GCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120496238|gb|EH224405.1|EH224405
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|31457494|gb|CD399522.1|CD399522
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|192311713|gb|FK003574.1|FK003574
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|120528898|gb|EH257032.1|EH257032
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTTEST: gi|213616911|gb|DB978901.1|DB978901
genomic: CGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
EST: GGAGATAAGTATGTCA-A-TTGAAATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAG GCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
genomic: GGAGATAAGTATGTCACATTTG--ATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcatt ... cattttccagGCTGGTGGGTTCCCAGAGCCAGAGATCATTCACTACAACCCTAAAGATTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATCCAGGTTCTTGGTAATGAGAAGGCCAGCAAGGAAGTATTCAACATCTCGGGAGATAAGTATGTCACATTTGATGGATTAGCAAGAGCATGTGCTAAGgtaagtcattcatgccatgtcatatttaaggtgaccaatagaaagcagaaggaaaatgccttaatatgtcaagcaattaaatttgatacatgtattgtaatttttgtttattttggcattttccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA