Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtcgaaacagcatgcaaatgtttttgaaggattttgatggttataaacaacatttaattttcttgatttccaaataattaatgttgtattttgtttttattccttaattag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46200.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23064235|gb|BU579008.1|BU579008
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|9902767|gb|BE611735.1|BE611735
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|208226305|gb|GE023098.1|GE023098
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|13481968|gb|BG511311.1|BG511311
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTCCAAGTCCTGAGCCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|193410849|gb|FK378936.1|FK378936
EST:     GTGACGGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTTATTCT
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCT
EST: gi|13251924|gb|BG362827.1|BG362827
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATG
EST: gi|213616511|gb|DB965709.1|DB965709
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|6913780|gb|AW395310.1|AW395310
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|209721887|gb|BW680046.1|BW680046
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|120491274|gb|EH219441.1|EH219441
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCANATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|193513668|gb|FK467884.1|FK467884
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAGCTTCTA
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAGCTTCTA
EST: gi|209726695|gb|BW672449.1|BW672449
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
EST: gi|7924360|gb|AW830386.1|AW830386
EST:     GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAG                         GTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG
genomic: GTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtc ... ccttaattagGTGACAATTGATGTTTCAAGTCCTGAGTCAGGCGTGATTCTAAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAGATAAGgtgctatgtcgaaacagcatgcaaatgtttttgaaggattttgatggttataaacaacatttaattttcttgatttccaaataattaatgttgtattttgtttttattccttaattag

- - - - - - - - - ATGCTG