1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TATCTATAGGCATAGTTACTGCCATTGCAGCTCCAGCAAGTCTAACGGTTGAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgccatcttaaaacagatattattctttttcagtgctacacccttatcctgttctattgttgcagtaatttgaactgtaacacctggatattctt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G32850.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCAEST: gi|14990231|gb|BI315904.1|BI315904
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCAEST: gi|14011696|gb|BG726618.1|BG726618
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCAEST: gi|193332291|gb|FK298609.1|FK298609
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGACEST: gi|209728924|gb|BW654991.1|BW654991
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGG-C
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCAEST: gi|192296643|gb|FG991211.1|FG991211
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCAEST: gi|6667618|gb|AW279069.1|AW279069
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCAEST: gi|192306703|gb|FG998857.1|FG998857
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
EST: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAG AAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
genomic: GAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgcca ... tttggagcagAAATGATGCTGGTCTGGCTGCTTCTGAATTAGCCCTGGCTGTAGAGAGGCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATCTATAGGCATAGTTACTGCCATTGCAGCTCCAGCAAGTCTAACGGTTGAATTTGAAGGCAATGGTGGCCATGCGGGTGCTGCCCTTATGCCTAACAGgtggctgccatcttaaaacagatattattctttttcagtgctacacccttatcctgttctattgttgcagtaatttgaactgtaacacctggatattctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC