1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GCTCACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataaggactttgtttccctcattcactgtagattcctgtattgtagttttcaaatggtcataattgctttcttggactcttttttgtttttcttgtggtttctttaaaatgtaaaagctgcttatgagagcaaaatctgttcttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA06G15380.2 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|254343935|gb|GR857691.1|GR857691
genomic: GGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: CCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|120534511|gb|EH262644.1|EH262644
genomic: CCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAA-GGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|120534428|gb|EH262561.1|EH262561
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|120530869|gb|EH259002.1|EH259002
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|15337539|gb|BI498195.1|BI498195
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|20449683|gb|BQ253807.1|BQ253807
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|207690383|gb|GD672986.1|GD672986
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: GGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|24136070|gb|BU926580.1|BU926580
genomic: GGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|298172713|gb|HO019753.1|HO019753
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGEST: gi|254343936|gb|GR857692.1|GR857692
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTGEST: gi|6846526|gb|AW348816.1|AW348816
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: GAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACNATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTNNNNTGGTGGGCGTGEST: gi|26268500|gb|CA819563.1|CA819563
genomic: GAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTCACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataaggactttgtttccctcattcactgtagattcctgtattgtagttttcaaatggtcataattgctttcttggactcttttttgtttttcttgtggtttctttaaaatgtaaaagctgcttatgagagcaaaatctgttcttag
- - - - AGGATG
- - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG