Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G12950.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g42690.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttct-tagaatgtctgcttatgttgttgggtggtgg-tgttgactt
||  |||| || ||  |||  | ||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||  || || || ||||| ||||| ||||| ||||||||| | | |    |   || |     | |    | | | |   |||   | |    |   ||||   | ||  | || |    | ||   | ||   | 
GGTCTGAAGAAGGCTTTAGATGGTGGAGCAGACAAAGACGAAGAAGATTCAGAGGGCAGAAGGGCCTTACACTTTGCATGTGGGTATGGGGAGgtatgcaagtctgcttaactaa-acccaatgacaattgaaacc-tgtgcaagtagaaaatgccgaataaatactactattatctactagtacctatttgttg

upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM5G800734_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat--atttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt----
|| ||||| || ||  |||  | ||| || |||||||||||||||||| | |||||||||   ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |  |||   ||     |   ||       ||   ||| |  ||||||   |  | |    |||| ||  || |||  |  ||  |       |   ||    
GGTTTGAAGAAAGCTTTAGAAGGTGGAGCAGACAAGGATGAAGAAGATGCCGAGGGAAGACGGGCTTTACATTTTGCATGTGGCTATGGTGAGgtaagtgaatctgttatactttgttaaacggaaatagattacacaacatgcagctaatgt----gaatatc--ctgatgcagcaggacgaccaccatttgttatgt

upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AC215244.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttggag---tgaatattttctcatctctt--atatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt
||  | || || |||||||  | ||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||  || || |||||||| ||||| || ||||||||||||  || | |  ||   ||   | ||    | ||  |  ||  ||   | |         | | |||   |  | ||  |      ||     |       
GGTCTCAAGAAAGCACTAGATGGTGGAGCCGACAAGGATGAAGAAGACTCTGAGGGAAGAAGGGCCTTACATTTTGCATGTGGGTACGGTGAGgtatgcagatctcttcagccttgttaacttgtggaactaatgaatgccaagcgataccaacacttcaaaattgtttatcatactaccacatgactaggca-----

upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT2G17390.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt----
|| ||||||  |||  | ||  ||||||   |||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||  ||  | |  |    |    ||  ||      |  |  |    | |   | ||  |||||    |       | |    |     | || |||     
GGTTTGAAAGCTGCCTTGGCATCTGGTGGGAACAAAGATGAAGAAGACTCTGAAGGAAGGACTGCTTTGCATTTTGCATGTGGATACGGCGAGgtatgtcaacgtctcaac---aagccttaacaaaaaaaac-tgtcgaaatgtcactatcacagaatcatggaaggcagtatatactaccaatatttactagcat

upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT4G35450.5 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttgg---agtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt
|| ||||||  |||  | ||  |||||| | |||| |||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||||| || ||||||||| | | | |     | | |      |   || |      | | ||| || |  ||| ||  | |  ||| | | |||   |  |  |  |  | | | 
GGTTTGAAAGCTGCCTTGGCATCTGGTGGTAACAAAGATGAAGAAGATTCTGAAGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCTTGTGGATACGGCGAGgtatgcaattctcttatcaattcacggcaattaaatattcggatttagatggttctc-tttttttcagtagctg-tgaagttaa-gaatctttataatcattc

upper sequence: GLYMA04G12950.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgg-gtggtggtgttgactt---
|| ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||| |||||||||||||| || |      | || ||  |||||  |||  |||| || ||  | ||      |     |  ||     |  | | ||  || || | || |  |   
GGTTTGAAGAATGCACTTGCCTCTGGTGCCGACAAAGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGGACTGCACTGCATTTCGCATGTGGGTATGGTGAGgtatgatagt-ccaaaaatggat-ctttcttttcttatata-catatattcttgagcaatggattttactcagagtagtatgggcatgatgat-ttaatctaag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|31457503|gb|CD399531.1|CD399531
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|254338267|gb|GR849792.1|GR849792
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|192324548|gb|FK018704.1|FK018704
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|9898733|gb|BE607701.1|BE607701
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGCGAG                         GTAAAATGTGCTCAAGTTCTCCTCGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|213611202|gb|DB975020.1|DB975020
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTGC-CCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTT
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTT-CTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTT
EST: gi|31458856|gb|CD400884.1|CD400884
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCTAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|23726172|gb|BU761069.1|BU761069
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|4313567|gb|AI460686.1|AI460686
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|17400643|gb|BM177425.1|BM177425
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|193575835|gb|FK528508.1|FK528508
EST:     TCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGA
genomic: TCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGT-GAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGA
EST: gi|192325659|gb|FK019515.1|FK019515
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|6724720|gb|AW309053.1|AW309053
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGCGAG                         GTAAAATGTGCTCAAGTTCTCCTCGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|9564642|gb|BE474151.1|BE474151
EST:     CTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: CTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|10256002|gb|BE823768.1|BE823768
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|254338266|gb|GR849791.1|GR849791
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|209727250|gb|BW663311.1|BW663311
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|58018407|gb|CX705149.1|CX705149
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|208294060|gb|GE092605.1|GE092605
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
EST: gi|9258071|gb|BE346218.1|BE346218
EST:     AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAG                         GTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG
genomic: AAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaat ... atcatttcagGTGAAATGTGCTCAAGTTCTCCTTGAGGCTGGAGCAAAAGTGGATGCTTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTGAAAAATGCACTAGCCGCTGGTGCTGACAAGGATGAAGAAGATTCAGAGGGAAGAACTGCTTTGCATTTTGCCTGTGGATATGGTGAGgtatgctaatatttggagtgaatattttctcatctcttatatcacatgctttttgtttcttagaatgtctgcttatgttgttgggtggtggtgttgactt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC