1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TATGCTCTGTTATATCAGCTTCTTAAGATTTTTCTTACCCAGAGGCTGGATGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactgtttatgaatgattatcatttatcaatagttacatatacagggttcttttctactttatgttactatctaaatgttttgatgttatgatgctcttttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G22090.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|5342719|gb|AI795003.1|AI795003
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGT-ATTGGTGGEST: gi|15337560|gb|BI498216.1|BI498216
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|6482099|gb|AW201370.1|AW201370
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: ACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|23734414|gb|BU765436.1|BU765436
genomic: ACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|15286594|gb|BI470485.1|BI470485
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|19453133|gb|BM954543.1|BM954543
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|193551332|gb|FK508033.1|FK508033
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: CTATCTATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|31561461|gb|CD487299.1|CD487299
genomic: CTATC-ATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|193574339|gb|FK529796.1|FK529796
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGGEST: gi|192294162|gb|FG986251.1|FG986251
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
EST: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATG GCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
genomic: TGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactg ... gctcttttagGCCTTGTGCATGAAGAATGCATTGCCAAAATGAGGCTTTTGTCATTGGTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATGCTCTGTTATATCAGCTTCTTAAGATTTTTCTTACCCAGAGGCTGGATGCATACTTAGACTATCATGCTGCCAATTCCACCTTGTTGAAAAGTTATGgtaagcactgtttatgaatgattatcatttatcaatagttacatatacagggttcttttctactttatgttactatctaaatgttttgatgttatgatgctcttttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC