Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATGCTCTGTTATATCAGCTTCTTAAGATTTTTCTTACCCAGAGGCTAGATGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatggatgattattgttttttaatagttgcatatgtaaggctctattatacgttatcttactatcaaaatgttttgatgttatgatgtttttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G06410.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G06410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G15610.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TATGCTCTGTTATATCAGCTTCTTAAGATTTTTCTTACCCAGAGGCTAGATGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaa---catggatgattattgttttttaatagttgcatatgtaa-ggctctattatacgttatcttactatcaaaatgttttgatgttatgatgtttttag
 |||| |   | || ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  |||  ||| |||||    ||  || |||  || ||||     | |      |||  | ||   |  |    || ||| |  |  ||  | || | |||    ||    || | |   |      | | | | |  ||
AATGCACCAGTTTACCAGCTACTGAAGATTTTTCTTACTCAGAGGCTAGATGCATACATGGAATTCCAAAATGCGAATTCAGGATTTCTGCAAACATACGgtactgttcttatccctttaccgcttgacatgatcctcagatgaatcgaatccttcattctttagtgaacccataataagccatag----acggtatctgcag

upper sequence: GLYMA13G06410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv14s0068g00220.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TATGCTCTGTTATATCAGCTTCTTAAGATTTTTCTTACCCAGAGGCTAGATGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatggatgattattgt--tttttaatagttgcatatgtaaggctctattatacgttatcttactatcaaaatgttttgatgttatgatgtttttag
|||||  || | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| | ||| |||||||| || ||  |  | |||| |||||||||   |       | |||     ||||| |      | ||  ||      |      || ||||    |   |||  ||  || |    |||||     
TATGCATTGGTCTATCAGCTTCTGAAGATTTTTCTCACTCAGAGGCTTGATGCCTATTTAGATTTTCATGCTGCAAACTCAACTCTACTTAAAAGCTATGgtaattgttttctgatcttgcaacatttaaaaccctgttctggtagatgacctagccaattttcttttatttggaat--ttgcatctgggaatgttgcag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15000523|gb|BI321337.1|BI321337
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|58022609|gb|CX709350.1|CX709350
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTG-TGAAAAACTATG                         GCNTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|10843324|gb|BF066627.1|BF066627
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|16996731|gb|BM086103.1|BM086103
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|192317735|gb|FK010153.1|FK010153
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
EST: gi|58015003|gb|CX701745.1|CX701745
EST:     TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATG                         GCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG
genomic: TGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatgg ... atgtttttagGCCTTGTGCCTGAAGAATGCATTTCCAAAATGAGGCTGATGTCATTGATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TATGCTCTGTTATATCAGCTTCTTAAGATTTTTCTTACCCAGAGGCTAGATGCATACTTAGAATATCAAGCTGCAAATTCCACCTTGTTGAAAAACTATGgtaaacatggatgattattgttttttaatagttgcatatgtaaggctctattatacgttatcttactatcaaaatgttttgatgttatgatgtttttag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC