1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TGCTTGTTATGTTATTGCTCAGAAGGGGACAACATATCGGATGCTTTTCAGTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttctttttctttgttgtcttatatatatatatatatatatatatatataatgatttgtatgctttatttatctttgtcgtctttttataaata...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G13100.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|192298009|gb|FG993243.1|FG993243
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|51335190|gb|CO979056.1|CO979056
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|192320077|gb|FK014161.1|FK014161
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCCTGGATGAGTGTATATGEST: gi|57574613|gb|CX547588.1|CX547588
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|58023165|gb|CX709906.1|CX709906
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|10254670|gb|BE822436.1|BE822436
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|193319353|gb|FK285517.1|FK285517
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: TGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATGEST: gi|58020212|gb|CX706954.1|CX706954
genomic: TGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
EST: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTG GAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
genomic: GTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttc ... acattttcagGAATTGAAGGTGGCAAATGGCGAGTTCCACTTTCTTGGATGAGTGTATATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCTTGTTATGTTATTGCTCAGAAGGGGACAACATATCGGATGCTTTTCAGTTAGGCGATGCAGTATGTAAACTTCTCCAGCTGAGTCACCCTACTACTGgtgagctttctttttctttgttgtcttatatatatatatatatatatatatatataatgatttgtatgctttatttatctttgtcgtctttttataaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA