1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
AATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatcatcacctacacactcaacagttttgagattgttcattttatacttatctatgcagttctttctctcgtttctcctaactgtggaagttggaattattgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA07G07250.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAG GTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAGEST: gi|151404308|gb|EV274118.1|EV274118
genomic: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatc ... attattgcagGTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
EST: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAG GTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAGEST: gi|11413881|gb|BF425892.1|BF425892
genomic: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatc ... attattgcagGTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
EST: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAG GTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCNAAAATCTGAGEST: gi|37994187|gb|CF805933.1|CF805933
genomic: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatc ... attattgcagGTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
EST: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAG GTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAGEST: gi|11413988|gb|BF426063.1|BF426063
genomic: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatc ... attattgcagGTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
EST: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAG GTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAGEST: gi|51335712|gb|CO979578.1|CO979578
genomic: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatc ... attattgcagGTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
EST: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAG GTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
genomic: AATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatc ... attattgcagGTTAATTTAATAGAGTGGTTGAAAAGTATGGTTGGGAATCGAAAATCTGAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATGCTGACTGAAAAGAGTGATGTGTATAGTTTCGGGATACTCATCATGGAATTAATTACTGGAAGAAGTCCTGTGGATTATAGTAAACCACAAGGAGAGgttagaaatcatcacctacacactcaacagttttgagattgttcattttatacttatctatgcagttctttctctcgtttctcctaactgtggaagttggaattattgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA