Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCAGATGGAATGATCTAGATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttctgttcttgtattattattattctgtccttaatttcttttcttcttttggtggatatattagtaaggcttgtctgactggacagtttgaact...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G21910.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G21910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os06g05130.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
CCCAGATGGAATGATCTAGATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttctgttcttgtattatt----attattctgtccttaatttct---------tttcttcttttggtggatatattagt-----aaggcttgtctgactggacag---tttgaact------------------------------------------------------
|| | |||| ||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| | | ||| | | | | | || || || || | | ||| | | | || |||| || | ||| | | ||| |||
CCGAAGTGGAGTGACCTTGATGTCAACCAGCATGTGAACAATGTGAAGTATATTGGTTGGATACTTGAGgtaacttctttttccttttctctatccgaacatgctatctctagatcagaaaagagagtgtctgatcgtaattagtaacctagttcctagtcatatgccaagctgtaaaaacacttgcactgtatattcaaaagctattcaaatttctgagtacgttttgtttttttttcctcag

upper sequence: GLYMA04G21910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os11g43820.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
CCCAGATGGAATGATCTAGATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtc-ttctgttcttgtattattattattctgtcct---taatttcttttcttcttttggtggatatattagtaaggcttgtctgactggacagtttgaact
|| |||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| || ||||| || |||| || | | | ||| || | |||||| || || ||| | || || || | || | |||
CCTAGATGGGGTGACCTCGATGTCAATCAGCATGTGAACAATGTTAAATATATTGGGTGGATCCTTGAGgtggttattcttgtcccttttattcattgtttagagaaaaataatttggctttatccttttatatggtggttgttagggaaccattttatgtagtacttg----

upper sequence: GLYMA04G21910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os02g43090.4 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CCCAGATGGAATGATCTAGATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtc-ttctgttcttgtattattattattctgtccttaatttcttttcttcttttggtggatatattagtaaggcttgtctgactggacagtttgaact-
|| |||||| ||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| || ||||| || |||| || ||| | ||| || | ||| || ||| | | |||| || | |||| | || | | |
CCTAGATGGGGTGACCTCGATGTCAATCAGCATGTGAACAATGTTAAATATATTGGGTGGATCCTTGAGgtggttattcttgtcccttatattcattgtttagagaaaaataatttggctttatcctttt-atatggtacttcc-tttgtttcacaatgtaagtcatttta

upper sequence: GLYMA04G21910.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv11s0016g04480.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
CCCAGATGGAATGATCTAGATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtag-tcttctgttcttgta--ttattattattct---gtccttaatttcttttcttcttttggtggatatattagtaaggcttgtctgactggacagtttgaact
|| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | || ||||| || ||||||| | || || | | | ||||| ||||| || || || || |||| || | | || || | | | | || || |
CCTAGATGGAGTGATTTAGATGTCAATCAGCATGTTAACAATGTTAAGTACATCGGTTGGATCCTTGAGgtaggttttgtggccaagcaaattatttttatttacaagtgctaaacccctg--cttcacccagttggagcaagagaaatggat-tggaaatgcctggtatct---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298193688|gb|HO040336.1|HO040336
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|193329033|gb|FK293037.1|FK293037
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208063424|gb|GD866254.1|GD866254
EST:     GTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: GTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208258827|gb|GE054238.1|GE054238
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|207714240|gb|GD695019.1|GD695019
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|193660249|gb|FK603845.1|FK603845
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208251806|gb|GE045525.1|GE045525
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208315586|gb|GE114306.1|GE114306
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208334226|gb|GE130813.1|GE130813
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208292274|gb|GE095958.1|GE095958
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208183018|gb|GD981100.1|GD981100
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|14011429|gb|BG726351.1|BG726351
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208058058|gb|GD860161.1|GD860161
EST:     AACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATT
genomic: AACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTC-TGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATT
EST: gi|193696738|gb|FK637950.1|FK637950
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|208196511|gb|GD993168.1|GD993168
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|193689961|gb|FK631822.1|FK631822
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
EST: gi|193491529|gb|FK453883.1|FK453883
EST:     ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCA
genomic: ATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCA
EST: gi|207795266|gb|GD767775.1|GD767775
EST:     ATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAG                         AGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG
genomic: ATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttct ... acaactgcagAGTGCTCCACAGCCACTTTTGGAGAGCCATGAGCTGTGTGCCATGACATTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCAGATGGAATGATCTAGATGTGAATCAGCATGTTAACAATGTGAAGTATGTTGGGTGGATTCTGGAGgtagtcttctgttcttgtattattattattctgtccttaatttcttttcttcttttggtggatatattagtaaggcttgtctgactggacagtttgaact

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttggtgg