Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGAATGATATAGCTCATTTTCATGCTAATACACATATCCCAGTGATTGTTGGATCTCAAATGCGGTATGAAGTCACTGGTGATCCACTTTATAAGgtgaattgctttatgtatgctgtagattactggtactgaaatttgttgttattattttaaattccgataatggttcttgaatttggtttttggtgtgttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G03770.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G03770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0004g01650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GCGAATGATATAGCTCATTTTCATGCTAATACACATATCCCAGTGATTGTTGGATCTCAAATGCGGTATGAAGTCACTGGTGATCCACTTTATAAGgtgaattgctttatgtatgctgtagattactggtactgaaatttgttgttattattttaaattccgataatggttcttgaatttggtttttggtgtgttag-------
||  |||| ||| ||   |||||||| ||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |   ||   | | ||        |||| |||  ||    |       | ||     |    | ||   | ||    || |    | ||         
GCTGATGACATATCTGGATTTCATGCCAATACACATATCCCAATTGTTGTTGGAGCTCAAATGCGGTATGAAATCACTGGTGATCCACTTTATAAGgtaaattgctgtggataaattctggacagtcttgactgcaatc-gtcaacaaagacaaagatgtttgtgcctgatcacaagttattgttctataatattgtgtgacag

upper sequence: GLYMA15G03770.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0004g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GCGAATGATATAGCTCATTTTCATGCTAATACACATATCCCAGTGATTGTTGGATCTCAAATGCGGTATGAAGTCACTGGTGATCCACTTTATAAGgtgaattgctttatgtatgctgtagattactg-----gtactgaaatttgttgttattattttaaattccgataatggttcttgaatttggtttttggtgtgttag
||  ||   ||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||  ||   | | ||| | |       |||||||     |      | || |||| | | |   ||  |    |||    | | || |       
GCTGATAGCATATCTGGTTTTCATGCCAATACACATATCCCAGTTGTTATTGGATCCCAAATGCGGTATGAAGTCACTGGTGATCCACTTTACAAGgtgagttgctgtaaataaattatggatcatttcaaatatactgaacaaaatcaaatgtgttctaaactgctaatgtgtgtgcctaata-attatgtgattc-----