Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCATTATCCCGGCTATATGTAAAGACAAAGGTAGTCCTTTTGGAGACTCCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCGgtttgtaacttcatcagctactttcatattaattcttaacttacaataatgggtataaatgtgaagttttccaaccaaaaactataaataatggaaacgtttttcttttttgctatatttgtttcccttttgttttctgaagtggtatccattggtaaattgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G09390.2
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G09390.2 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv04s0044g01870.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
AATCATTATCCCGGCTATATGTAAAGACAAAGGTAGTCCTTTTGGAGACTCCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCGgtttgtaacttcatcagctac-tttcatattaattcttaacttacaataatgggtataaatgtgaagttttccaaccaaaaactataaataatggaaacgtttttcttttttgctatatttgtttcccttttgttttctgaagtggtatccattggtaaattgtag
||| || ||||| ||  |||| | ||| ||||| || || |||||||   |  |||| ||| ||  || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |  | ||  ||| | | |  |  | ||||| |   |   |  |      ||||| | |    ||  ||       || |   |  |||  |  ||                                                                
AATTATCATCCCTGCAGTATGCAGAGAGAAAGGCAGCCCATTTGGAGCACCTGATGTTTGCCATACATTTGCAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCGgtatggtatctaattggcttcatctggttctgattctgattctgagaccaccaaactaaatataattgatttgaattgttggcttt---ttttgggcatattg---------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151395712|gb|EV265589.1|EV265589
EST:     CCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCG                         GTTGGAGCTGTTTATATATGGACTTATGTCTACAACATAATGAGAGTTTCC
genomic: CCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCGgtttgtaact ... taaattgtagGTTGGAGCTGTTTATATATGGACTTATGTCTACAACATAATGAGAGTTTCC
EST: gi|17401267|gb|BM178049.1|BM178049
EST:     CCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCG                         GTTGGAGCTGTTTATATATGGACTTATGTCTACAACATAATGAGAGTTTCC
genomic: CCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCGgtttgtaact ... taaattgtagGTTGGAGCTGTTTATATATGGACTTATGTCTACAACATAATGAGAGTTTCC
EST: gi|193322254|gb|FK287090.1|FK287090
EST:     CCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCG                         GTTGGAGCTGTTTATATATGGACTTATGTCTATAACATAATGAGAGTTTCC
genomic: CCAATGTCTGCTATCAATATGGAATGGCTTATGCTTCACTTTCTATGGCGgtttgtaact ... taaattgtagGTTGGAGCTGTTTATATATGGACTTATGTCTACAACATAATGAGAGTTTCC