1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TGTTGGTGGTGTCGCAAGAGCTCGTGCTTTTGCAAAGAAATTATCTGATGCACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctggaacaaaacatgtgcattatccttgacatgctgctgcagcatttttcttctggaattgctatctatgtaacagagtgtactttaaacaga...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G06110.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACCCTTAGCTATTGTAGACCAAAAG-CGCCATGGACCCAATGTTGCTGAG GTGATGAACCTGATTGGTGATGTTAAAGGEST: gi|58018515|gb|CX705257.1|CX705257
genomic: ACCCTTAGCTATTGTAGAC-AAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctg ... tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGG
EST: CACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAG GTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGATEST: gi|22929545|gb|BU546684.1|BU546684
genomic: CACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctg ... tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT
EST: CACCCTTAGCTANNNTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAG GTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT
genomic: CACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctg ... tgtgatgcagGTGATGAACCTGATTGGTGATGTAAAAGGAAAAGTTGCTGTAATGGTGGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGTTGGTGGTGTCGCAAGAGCTCGTGCTTTTGCAAAGAAATTATCTGATGCACCCTTAGCTATTGTAGACAAAAGGCGCCATGGACACAATGTTGCTGAGgtaatagctggaacaaaacatgtgcattatccttgacatgctgctgcagcatttttcttctggaattgctatctatgtaacagagtgtactttaaacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaacaaa