Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCTTCTCGATGTTAAGCCTTGGGATGATGAGACCGACATGAAGAAGCTGGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaaattttcacaaacttttctcttgcatatttgatgcatttaatttctttcaaaattaccatttatctaaaatgttcttgtttcaattggtaaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G44460.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G44460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G439201_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GTCCTTCTCGATGTTAAGCCTTGGGATGATGAGACCGACATGAAGAAGCTGGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaaat---tttcacaaacttttct---cttgcatatttgatgcatttaatttctttcaaaattaccatttatctaa-aatgttcttgtttcaattggtaaag---
|||||| | ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  |||||   ||| |    ||||||||||||| ||     |   |   ||| | ||| ||    ||    ||||||   |      |  |   | ||      | ||| ||  ||   | |    | || | ||||     
GTCCTTATGGATGTCAAACCATGGGACGATGAGACTGATATGAAGAAGCTGGAGGAGGCTGTCCGCAGTGTCCAGATGGAGGGTCTGACTTGGGGAGCATgtaagtcactttcaatgctacagattttcctgtatttaaccatttgacataaacttgtaatacaacaacgcttgtgtatgtattaaccatttgacataaacttgtaatacag

upper sequence: GLYMA02G44460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: AT5G19510.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
GTCCTTCTCGATGTTAAGCCTTGGGATGATGAGACCGACATGAAGAAGCTGGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaaattttcacaaacttttctcttgcatatttgatgcatttaatttctttcaaaattaccatttatctaaaatgttcttgtttcaattggtaaag
|| ||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||  || |||||||||||||| | || |||||||| |||| ||| ||| ||||   ||  ||| | |  || | |       ||    ||      | |      | ||  | | || || ||  | |   |  |  ||
GTGCTCATGGATGTTAAGCCATGGGATGATGAAACCGACATGAAGAAACTGGAAGAGGCTGTTCGTGGTGTTGAGATGCCTGGTCTTTTCTGGGGAGCCTgtacgtttaaactttc---aatctttatat--cagagtaagcttgttactctttgggtgagacagttttataattgatattttttttctccctgtcttgcag

upper sequence: GLYMA02G44460.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0009g02410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
GTCCTTCTCGATGTTAAGCCTTGGGATGATGAGACCGACATGAAGAAGCTGGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaaattttca---caaacttttctcttgcatatttgatgc---atttaatttctttcaaaattac-catttatctaaaatgttcttgtttcaattggtaaag--------------------
|| ||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||||||| |   ||| | |    ||||     | || |    || |  |   | || |    | | | | |       | | ||  |    |      |   ||  ||                       
GTTCTTTTGGATGTGAAACCTTGGGATGATGAGACAGACATGAAGAAGCTGGAAGAGGCTGTTCGCAGTATTGAGATGCCAGGCCTCTTGTGGGGAGCATgtatggtttgattattaatttaaacaccctttttccccccttcaaaccgaaattgaccattcttatattcttatgctgaccttgacaactgaatgcttggttaatagttgtgctatggatttgttgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|41145797|gb|CK606008.1|CK606008
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|26057276|gb|CA800190.1|CA800190
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|13791524|gb|BG654115.1|BG654115
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|17963140|gb|BM269892.1|BM269892
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|308098678|gb|HO760419.1|HO760419
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|192296967|gb|FG990283.1|FG990283
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|13563312|gb|BG551532.1|BG551532
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|12773938|gb|BG238865.1|BG238865
EST:     GCCTGGTTTATTGTGGGGNAGCATN                         CCAAACTGGTTCNCTGTGGGATATNGGGATCNAAGAAGTTGCAGATCATG
genomic: GCCTGGTTTATTGTGGGG-AGCAT-gtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTC-CTGTGGGATAT-GGGATC-AAGAAGTTGCAGATCATG
EST: gi|12773938|gb|BG238865.1|BG238865
EST:     GCCTGGTTTATTGTGGGGNAGCATN                         CCAAACTGGTTCNCTGTGGGATATNGGGATCNAAGAAGTTGCAGATCATG
genomic: GCCTGGTTTATTGTGGGG-AGCAT-gtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTC-CTGTGGGATAT-GGGATC-AAGAAGTTGCAGATCATG
EST: gi|31462182|gb|CD404210.1|CD404210
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|41145960|gb|CK606171.1|CK606171
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|14259721|gb|BG882629.1|BG882629
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|38191164|gb|CF920370.1|CF920370
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|192299184|gb|FG990456.1|FG990456
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|192314009|gb|FK010345.1|FK010345
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|6845830|gb|AW348120.1|AW348120
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|192332130|gb|FK024590.1|FK024590
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCC-GGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|6072446|gb|AW101833.1|AW101833
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|5342659|gb|AI794943.1|AI794943
EST:     CCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: CCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|6072481|gb|AW101868.1|AW101868
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|192314010|gb|FK010346.1|FK010346
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|17022325|gb|BM093359.1|BM093359
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATA
EST: gi|19052795|gb|BM731462.1|BM731462
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATAT
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATAT
EST: gi|298169624|gb|HO020984.1|HO020984
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTCTATTGTGGGGAGCAT                         CCAA-CTGGTTCCTGTGGGATATGGGATC
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATC
EST: gi|9259452|gb|BE347599.1|BE347599
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|9563902|gb|BE473411.1|BE473411
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|151409528|gb|EV279336.1|EV279336
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|18040489|gb|BM308783.1|BM308783
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAG
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAG
EST: gi|298190147|gb|HO032268.1|HO032268
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGG
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGG
EST: gi|254342849|gb|GR859011.1|GR859011
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|26048859|gb|CA785312.1|CA785312
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCCAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|9565730|gb|BE475239.1|BE475239
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGGTCCTGTGGGATATGGGATCCAGAAGTTGCAGAACATGATG
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATG
EST: gi|21889907|gb|BQ743120.1|BQ743120
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
EST: gi|33388439|gb|CA851646.1|CA851646
EST:     GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGNGGGGAGCAT                         CCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA
genomic: GGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaa ... attggtaaagCCAAACTGGTTCCTGTGGGATATGGGATCAAGAAGTTGCAGATCATGATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTCCTTCTCGATGTTAAGCCTTGGGATGATGAGACCGACATGAAGAAGCTGGAAGAGACTGTCCGCAGTATTGAGATGCCTGGTTTATTGTGGGGAGCATgtatgttgaaattttcacaaacttttctcttgcatatttgatgcatttaatttctttcaaaattaccatttatctaaaatgttcttgtttcaattggtaaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA