Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttagtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G02570.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g19700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttagtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt------
||||| |||||||||||||| || | |||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| |||||||   | || ||  || ||   | |   |  | |||   |  | ||       ||  |  |    ||    || |     |    |   ||  |        
TTTGGGCTTGCCAAAGATGGCCCTGTAGGTGACAAAACTCACGTGTCTACTCGAGTAATGGGAACATATGGTTATGCAGCTCCGGAGTATGTTATGACAGgtaagt---gcttcat-cagtcatcaccagggttgacgttaccgccggtaaccgcgggggta--cggtaatataaataccgcagtaacctccttaaattcaaataa

upper sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g40590.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttagtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt--------
||||| || || |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||| |||| |   | |  | |  ||||       || || || |||  || || |  |      |||  | |||| |  || | |      ||  |  |||        
TTTGGACTAGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTATCTACTCGAGTCATGGGAACTTATGGATATGCAGCTCCGGAGTATGTCATGACAGgtgagttgatcattactttgttagttg------gcttgcttgagtaatt-ttgaaatattgcatcatgc-tgctgaacctctatccaaacttgcacatgtagtaaaat

upper sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G132184_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttagtttgatata-gcca-gttcaaatctg-catgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt
||||| ||||| ||||| || || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | | ||||  |||| |      ||   |    | | || || |   | |  |       |   ||||     |  |   |     | ||    
TTTGGGCTTGCGAAAGACGGACCTGTAGGTGATAAAACTCATGTTTCTACTCGAGTAATGGGAACCTATGGATATGCAGCACCAGAATATGTCATGACTGgtaagtatcttgtcatatttgccatgactgtgtccatcgaactctggtggtgagcaagtctggccactgccagtgctaccagtgagcaacgaa--ccattca-

upper sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G150806_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttagtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatg--ctttgttgctgtttctatctgt
||||| ||||| ||||| || || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   | | | | ||   |  | |     | | |    |   | ||    | |   |  || |||  || | |||  | |   | ||  ||| |     
TTTGGGCTTGCAAAAGACGGACCTGTAGGTGATAAAACTCATGTCTCTACTCGAGTAATGGGAACCTATGGATATGCAGCACCAGAATATGTCATGACTGgtaagcacattgtcagattttctctaccttctttcttaccct--ctctttcggagtacaactgtaacatctgatcatgtgcgtacatactccttccacaccc

upper sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G028037_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 5
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagttta-gtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttgttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt-
||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| |    | |||       || |  | ||    | ||  | ||   |  ||      ||     ||     || | |||     | || |||||  
TTTGGACTTGCTAAAGATGGCCCTGAGGGTGATAAAACACATGTGTCAACTAGGGTCATGGGAACATATGGATATGCTGCACCTGAATATGTAATGACAGgtgagttgataaattataatattgcttaatctatgttcatattcatagtggatatttcatgtggttgtttat-taggtgttctgtaaacatgtc-atctggc

upper sequence: GLYMA02G02570.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0026g01620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTTGGTCTTGCCAAAGATGGTCCAGAAGGTGATAAAACCCATGTGTCTACTCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttagtttgatatagccagttcaaatctgcatgttttagttg---ttatttatttggaaagtcacacatgcttatgctttgttgctgtttctatctgt-
||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||||||   |     ||   ||   |||||   ||        |  ||   |   || ||    || ||| |    ||  || |||  |     ||  |||||  
TTTGGACTTGCTAAAGATGGTCCCGAGGGAGATAAGACTCATGTATCTACCCGTGTTATGGGAACTTATGGATATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACAGgtaagagcatgcgtattcggct--ttcaatattgagccaaaaaaatgaactctctttttaaagaaatcatattccctgttgattt--tatccattaaatctggt

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14125505|gb|BG789943.1|BG789943
EST:     TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG                         GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: gi|298181788|gb|HO025963.1|HO025963
EST:     TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG                         GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: gi|192309781|gb|FK002935.1|FK002935
EST:     TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG                         GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: gi|18040000|gb|BM308294.1|BM308294
EST:     TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG                         GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: gi|16996487|gb|BM085859.1|BM085859
EST:     TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG                         GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
EST: gi|192298222|gb|FG992057.1|FG992057
EST:     TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGG                         GTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG
genomic: TCGAGTGATGGGAACCTATGGTTATGCAGCACCAGAATATGTCATGACGGgtaagtttag ... tgtttggcagGTCATCTTACATCAAAAAGTGATGTGTACAGTTTCGGAGTGGTACTACTTG