1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAAGCAGCTGCTAGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaattatttgatagtaatgtctttggaattttctaatgtatgtctacctgaaatatatatccttgtgatttttcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G06700.2 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|192326638|gb|FK018855.1|FK018855
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|192306424|gb|FG997164.1|FG997164
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|192324650|gb|FK018746.1|FK018746
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|254314651|gb|GR829644.1|GR829644
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCT-CTGACTGGTTATCGEST: gi|254314652|gb|GR829645.1|GR829645
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGG-TCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCG
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|151408312|gb|EV278120.1|EV278120
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|151401029|gb|EV270843.1|EV270843
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGTEST: gi|151408267|gb|EV278075.1|EV278075
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGTTATCGT
EST: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAA GCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGGGTTATCG
genomic: GGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaa ... gatttttcagGCCCGTCACAATGGTCAGAACTATGTTTTTGCCCTTCTGACTGG-TTATCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TAAACTCAGTGATCGTTTTCCTCAGCCATATGCAAATGAAGCAGCTGCTAGGTTTGCTAATGGAGGAGCTTATCCTCCAGATCTAAGTCTTGTTACCAAAgtaatgctaattatttgatagtaatgtctttggaattttctaatgtatgtctacctgaaatatatatccttgtgatttttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT