Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgactggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G05530.2
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G067476_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
------------------------GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgac--tggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga---
                        |||||||| ||||||||||| || ||  ||||  ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | |    ||  ||   |||   || |   ||| | |   ||||  ||  |||   | | ||| |  || | || ||         |       || |   
ATCAATGCTTTGTACATGTTGAAGGAGGCATACTCAACTCCCATCTTCCCACTGGATATTCTCGCTGAGAGACCTCCAGAGAAGAAGTTTGAATGGGTAAgtaagcatgccattgcacgc-aca---acctagttca-tgtttcttgcccatactgatgttcggatgctgtttctggtgttacctctgcgtggaaatctgaatat

upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G067476_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgac--tggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga---
|||||||| ||||||||||| || ||  ||||  ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | |    ||  ||   |||   || |   ||| | |   ||||  ||  |||   | | ||| |  || | || ||         |       || |   
GAGGCATACTCAACTCCCATCTTCCCACTGGATATTCTCGCTGAGAGACCTCCAGAGAAGAAGTTTGAATGGGTAAgtaagcatgccattgcacgc-aca---acctagttca-tgtttcttgcccatactgatgttcggatgctgtttctggtgttacctctgcgtggaaatctgaatat

upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G067476_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttga--ctggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga----------------------
|||||||| ||||||||||| || ||  ||||  ||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | |    ||  ||   |||   || |   ||| | |   ||||  ||  |||   | | ||| |  || | || ||         |       || |                      
GAGGCATACTCAACTCCCATCTTCCCACTGGATATTCTCGCTGAGAGACCTCCAGAGAAGAAGTTTGAATGGgtaagtaagcatgccattgcacgc-aca---acctagttca-tgtttcttgcccatactgatgttcggatgctgtttctggtgttacctctgcgtggaaatctgaatatgctctcatactatgttcag

upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G376727_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgac--tggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga---
||||| || ||||||||||| || ||  ||||  ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |  || |  |  | ||    ||  |    |   | |   || || ||  |||   | | ||| |  || | ||  |         |       || |   
GAGGCCTACTCAACTCCCATCTTCCCACTGGATATTCTCGCTGAGAGACTTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTAAgtaatc--atgccattgcatgcgcattgta---gttcatgtttctttctgatactgatgtttggatgctgtttctggtgctacctctgcatggaaatctgaatat

upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G376727_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgac--tggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga---
   || || ||||||||||| || ||  ||||  ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |  || |  |  | ||    ||  |    |   | |   || || ||  |||   | | ||| |  || | ||  |         |       || |   
---GCCTACTCAACTCCCATCTTCCCACTGGATATTCTCGCTGAGAGACTTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTAAgtaatc--atgccattgcatgcgcattgta---gttcatgtttctttctgatactgatgtttggatgctgtttctggtgctacctctgcatggaaatctgaatat

upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G376727_T05 (Zea mays), 5'ss of exon 4
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttga--ctggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga----------------------
||||| || ||||||||||| || ||  ||||  ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||   |  || |  |  | ||    ||  |    |   | |   || || ||  |||   | | ||| |  || | ||  |         |       || |                      
GAGGCCTACTCAACTCCCATCTTCCCACTGGATATTCTCGCTGAGAGACTTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGgtaagtaatc--atgccattgcatgcgcattgta---gttcatgtttctttctgatactgatgtttggatgctgtttctggtgctacctctgcatggaaatctgaatatgctctcatactatgttcag

upper sequence: GLYMA16G05530.2 (Glycine max), 5'ss of exon 4
lower sequence: Vv14s0068g01370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 4
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgactggcatgttactttttg--ttttcatgtattctacttggttgga
||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  | ||| | |  |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||     | | ||  |  |||||| || ||||| ||||  ||   |        |    ||||   ||  |  ||||| |   || | | |||    |
GAGGCATATTCAACTCCAATATTACCTTTAGATATCCTTGCAGTGAGACCTCCAGAGAAGAAGTTTGAGTGGgtaagtttcc-----cataaaagtagcagttatattaatcattatct-ttttatgcacctttttctgtgttgacttaagccttttctttgtttttccatggaatta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7286236|gb|AW598723.1|AW598723
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|7286236|gb|AW598723.1|AW598723
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|213617119|gb|DB963592.1|DB963592
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|213617119|gb|DB963592.1|DB963592
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|151410082|gb|EV279890.1|EV279890
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|151410082|gb|EV279890.1|EV279890
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|21994234|gb|BQ785762.1|BQ785762
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|21994234|gb|BQ785762.1|BQ785762
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|6069921|gb|AW099507.1|AW099507
EST:     CTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: CTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|13791399|gb|BG653990.1|BG653990
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|13791399|gb|BG653990.1|BG653990
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192309917|gb|FK001461.1|FK001461
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|17020635|gb|BM091669.1|BM091669
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|4306520|gb|AI443916.1|AI443916
EST:     CTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: CTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192328456|gb|FK020730.1|FK020730
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|58019764|gb|CX706506.1|CX706506
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|14991791|gb|BI317464.1|BI317464
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|14991791|gb|BI317464.1|BI317464
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|11688866|gb|BF596542.1|BF596542
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|11688866|gb|BF596542.1|BF596542
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|151403836|gb|EV273646.1|EV273646
EST:     TGGGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|151403836|gb|EV273646.1|EV273646
EST:     TGGGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254345416|gb|GR855859.1|GR855859
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254345416|gb|GR855859.1|GR855859
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|31460384|gb|CD402352.1|CD402352
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|31460384|gb|CD402352.1|CD402352
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|58019284|gb|CX706026.1|CX706026
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|58019284|gb|CX706026.1|CX706026
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192296517|gb|FG989838.1|FG989838
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192296517|gb|FG989838.1|FG989838
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|21285290|gb|BQ473161.1|BQ473161
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|21285290|gb|BQ473161.1|BQ473161
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|26056181|gb|CA799095.1|CA799095
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|26056181|gb|CA799095.1|CA799095
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|7925531|gb|AW831557.1|AW831557
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|7925531|gb|AW831557.1|AW831557
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|31561271|gb|CD487109.1|CD487109
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|31561271|gb|CD487109.1|CD487109
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|19935021|gb|BQ080051.1|BQ080051
EST:     AGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: AGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|9439886|gb|BE440398.1|BE440398
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|9439886|gb|BE440398.1|BE440398
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|57574562|gb|CX547537.1|CX547537
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|57574562|gb|CX547537.1|CX547537
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254347232|gb|GR853481.1|GR853481
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254347232|gb|GR853481.1|GR853481
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|7589987|gb|AW705750.1|AW705750
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|7589987|gb|AW705750.1|AW705750
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|151408820|gb|EV278628.1|EV278628
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|16997127|gb|BM086499.1|BM086499
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|16997127|gb|BM086499.1|BM086499
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|20814723|gb|BQ299201.1|BQ299201
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|20814723|gb|BQ299201.1|BQ299201
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192294092|gb|FG986181.1|FG986181
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192294092|gb|FG986181.1|FG986181
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|213589498|gb|DB981232.1|DB981232
EST:     GGACGTTCATTT-AGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: GGACGTTC-TTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|6914631|gb|AW396153.1|AW396153
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|6914631|gb|AW396153.1|AW396153
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|17401673|gb|BM178455.1|BM178455
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|17401673|gb|BM178455.1|BM178455
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|37995718|gb|CF807307.1|CF807307
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|37995718|gb|CF807307.1|CF807307
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|12772421|gb|BG237348.1|BG237348
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|12772421|gb|BG237348.1|BG237348
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|19268686|gb|BM884942.1|BM884942
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|19268686|gb|BM884942.1|BM884942
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|31456205|gb|CD398233.1|CD398233
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254347231|gb|GR853480.1|GR853480
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254347231|gb|GR853480.1|GR853480
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|23064011|gb|BU578784.1|BU578784
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|23064011|gb|BU578784.1|BU578784
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|31462452|gb|CD404480.1|CD404480
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|19269510|gb|BM885766.1|BM885766
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|19269510|gb|BM885766.1|BM885766
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|254344547|gb|GR855418.1|GR855418
EST:     TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGG-T-ATgtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192310732|gb|FK001156.1|FK001156
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192310732|gb|FK001156.1|FK001156
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192326907|gb|FK019199.1|FK019199
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGCTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
EST: gi|192326907|gb|FK019199.1|FK019199
EST:     TGAGAAGAAGTTTGAATGGGCTAAG                         AGGCTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT
genomic: TGAGAAGAAGTTTGAATGGG-TAT-gtttccttat ... ttgtccacagAGGTTGCTGGCTAAGTATGGATCTCTAATCTCAGTGATCTCCATCATGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGGCATATTCAACTCCCATATTGCCTTTGGACGTTCTTTCTGATAGACCTCCTGAGAAGAAGTTTGAATGGGTATgtttccttatactttaacttgacagttacatgaatcagtatcaattgcttatgttgactggcatgttactttttgttttcatgtattctacttggttgga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT