Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactttcttttataagctgagtctggagtagttgtgttacttgtgtagctaatcatttgtcttcacttcactcataacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G06580.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8284137|gb|BE021696.1|BE021696
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|6454402|gb|AW185085.1|AW185085
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|213618065|gb|DB963698.1|DB963698
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|17022031|gb|BM093065.1|BM093065
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|209709321|gb|BW680986.1|BW680986
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGANAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|12690012|gb|BG156348.1|BG156348
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|151394548|gb|EV264419.1|EV264419
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|5606299|gb|AI900405.1|AI900405
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|120531830|gb|EH259963.1|EH259963
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|19936079|gb|BQ080713.1|BQ080713
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
EST: gi|13125032|gb|BG315575.1|BG315575
EST:     GTGCTACTCACAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTAAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATA
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATA
EST: gi|16105072|gb|BI892812.1|BI892812
EST:     GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAG                         TGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG
genomic: GTGCTACTCAGAATTCAATCAGGGTTGCTCAGgtatgcactt ... ctcataacagTGGATGCTTCAAGCACCAGGTGCCACAAGTTATATAGGTTGCATAGGAAAG