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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTGCCAGCAATCCTGCTACGACTGTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctatcttttatgaggttgatttctatatcagccggtttttttccttatttattttatctggtttttcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G00490.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8827362|gb|BE211092.1|BE211092
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|298188098|gb|HO032055.1|HO032055
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACGTCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|213614987|gb|DB957039.1|DB957039
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGAACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|298164323|gb|HO013968.1|HO013968
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|213592873|gb|DB969839.1|DB969839
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|298167381|gb|HO012644.1|HO012644
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCAC
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCAC
EST: gi|27427422|gb|CA938942.1|CA938942
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|193614977|gb|FK563785.1|FK563785
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAATGTGT
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAATGTGT
EST: gi|23727295|gb|BU761676.1|BU761676
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|13125598|gb|BG316168.1|BG316168
EST:     GTATCAATGTCAAATTTCACCCCTCCTTCTGATCCTTCAGTGCAAACTCA                         AGCTTGCAA-CAACAGTACATCTAGC
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCT-GCAAACAACAGTACATCTAGC
EST: gi|298172529|gb|HO019569.1|HO019569
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACGGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|33387852|gb|CA851059.1|CA851059
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|15200810|gb|BI424534.1|BI424534
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACCAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|15338030|gb|BI498686.1|BI498686
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
EST: gi|298164600|gb|HO014245.1|HO014245
EST:     GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCCGATCCTCCAGTGCAAACTCA                         AGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA
genomic: GTATCAATGTCAAATTCCACCCCTCCTTCTGATCCTCCAGTGCAAACTCAgtgagtctat ... ggtttttcagAGCTGCAAACAACAGTACATCTAGCACAGATGCCCCAACTACAAA