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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgcccaagtcagcatctacgttgttcttttaatttgaaattgcttgcctgagtctaatatgctggttttctggctagtgtatcattaagtcatttg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G13100.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151395351|gb|EV265222.1|EV265222
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|58023783|gb|CX710524.1|CX710524
EST:     CCCNTTNTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|192298009|gb|FG993243.1|FG993243
EST:     CACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|31561814|gb|CD487652.1|CD487652
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|51335190|gb|CO979056.1|CO979056
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|298196651|gb|HO041394.1|HO041394
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|151399130|gb|EV269001.1|EV269001
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|298188836|gb|HO035529.1|HO035529
EST:     CCCCTTCTAATGCTTTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|208045864|gb|GD848154.1|GD848154
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|57574613|gb|CX547588.1|CX547588
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|58023165|gb|CX709906.1|CX709906
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|193490406|gb|FK456357.1|FK456357
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|10254670|gb|BE822436.1|BE822436
EST:     AATGCTCTCACTATCATCCANCAGAGATCANCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: AATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|6666082|gb|AW277541.1|AW277541
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|192298008|gb|FG993242.1|FG993242
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|298199338|gb|HO042701.1|HO042701
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|18039874|gb|BM308168.1|BM308168
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|213596494|gb|DB962054.1|DB962054
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTAGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|192295265|gb|FG986984.1|FG986984
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|19052856|gb|BM731523.1|BM731523
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|192298714|gb|FG988595.1|FG988595
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|151400466|gb|EV270280.1|EV270280
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|58020212|gb|CX706954.1|CX706954
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAATATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAGT
EST: gi|298174081|gb|HO017417.1|HO017417
EST:     CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAG                         GGTATGATGATTGAGTTTGCNNNNNNNTATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAG
genomic: CCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgccca ... acttgaatagGGTATGATGATTGAGTTTGCAAAAAA-TATGGCTGATTTTCTTGCTGGTAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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CTTATGATTCCCCTTCTAATGCTCTCACTATCATCCAACAGAGATCACCGGTGGTTAAGgtatcgcccaagtcagcatctacgttgttcttttaatttgaaattgcttgcctgagtctaatatgctggttttctggctagtgtatcattaagtcatttg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA