Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTCGTAGATTGCGTTTTTTCAAGGAGCAAATGTTGAAAGCTGGTGTTTCACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAGgtatgtgagcatgcttgtggacaaagttggtatccactttctattttattttataagttgacatctggtatgtcttgtaatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G12120.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213590384|gb|DB971532.1|DB971532
EST:     CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAG                         GTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGC
genomic: CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAGgtatgtgagc ... cttgtaatagGTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGC
EST: gi|209729738|gb|BW669838.1|BW669838
EST:     CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAG                         GTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
genomic: CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAGgtatgtgagc ... cttgtaatagGTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
EST: gi|209710094|gb|BW653549.1|BW653549
EST:     CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAG                         GTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
genomic: CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAGgtatgtgagc ... cttgtaatagGTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
EST: gi|208227861|gb|GE025941.1|GE025941
EST:     CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAG                         GTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
genomic: CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAGgtatgtgagc ... cttgtaatagGTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
EST: gi|209712503|gb|BW653686.1|BW653686
EST:     CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAG                         GTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT
genomic: CACCAAAATATTCCACAACACCAGTTGATGTGAACATTGATGACCTTGAGgtatgtgagc ... cttgtaatagGTTAAACTTACCGAAATTGAGTCAGAGTTAACTGAGATGAATGCAAATGGT