1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGTGATTGATTGGGCTAAGAGTTCAGGTGTCAAGCAATTCCTGTTCATCAGCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGGgtatgttgaagaatattcttatattctcccattagcatttgtaaaactactatcccaatagcaattatataaaattgaagtgaaaatgttaaatgcactatggtgtag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA10G03200.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGG GATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAAEST: gi|20498478|gb|BQ273408.1|BQ273408
genomic: GCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGGgtatgttgaa ... tatggtgtagGATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAA
EST: GCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGG GATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAAEST: gi|209729821|gb|BW658626.1|BW658626
genomic: GCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGGgtatgttgaa ... tatggtgtagGATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAA
EST: ACAGATGAACCTCCACATG-TGAAGGG GATG-TGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAAEST: gi|20814787|gb|BQ299265.1|BQ299265
genomic: ACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGGgtatgttgaa ... tatggtgtagGATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAA
EST: GCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGG GATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAA
genomic: GCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGGgtatgttgaa ... tatggtgtagGATGTTGTTAAAGCAGATGCTGGTCATGTTGAAGTGGAGAAATACATTGAA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTGATTGATTGGGCTAAGAGTTCAGGTGTCAAGCAATTCCTGTTCATCAGCAGTGCTGGAATCTACAAACCAACAGATGAACCTCCACATGTTGAAGGGgtatgttgaagaatattcttatattctcccattagcatttgtaaaactactatcccaatagcaattatataaaattgaagtgaaaatgttaaatgcactatggtgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG