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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGAAATTGTTTTGCAGCAGGGATTATCCAGACAATCCTCCATCTGTTAGATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggcaattcttgcagaggcttcattgctgtggtgtgtttgaaattgtactcattaatcactaaattaccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G24950.4
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254347326|gb|GR853575.1|GR853575
EST:     GA-TTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298170625|gb|HO019249.1|HO019249
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACGTTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298164494|gb|HO014139.1|HO014139
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCGATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|21887768|gb|BQ740981.1|BQ740981
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298194253|gb|HO040901.1|HO040901
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|15814266|gb|BI786541.1|BI786541
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|254347325|gb|GR853574.1|GR853574
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGGCATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298199013|gb|HO042376.1|HO042376
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         ATTGAGCCACATTTGTTACCTATGCCTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298172716|gb|HO019756.1|HO019756
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298185548|gb|HO030761.1|HO030761
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298182508|gb|HO031243.1|HO031243
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|15661899|gb|BI699270.1|BI699270
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298175103|gb|HO014906.1|HO014906
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|192301633|gb|FG994369.1|FG994369
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|7924626|gb|AW830652.1|AW830652
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|21993992|gb|BQ785520.1|BQ785520
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|192319630|gb|FK013714.1|FK013714
EST:     GAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|31311341|gb|CD396544.1|CD396544
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTATCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|151403964|gb|EV273774.1|EV273774
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|151409397|gb|EV279205.1|EV279205
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
EST: gi|298196851|gb|HO041594.1|HO041594
EST:     GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTG                         GTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA
genomic: GATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggca ... aaattaccagGTTGAGCCACATTTGTTTCCTATGCTTGCTAATTGGAAACGTGAGCGTACA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GTTGAAATTGTTTTGCAGCAGGGATTATCCAGACAATCCTCCATCTGTTAGATTTCAAACAAGGATTAACATGACATGTGTCAATCAAGAAACTGGAGTGgtaagaggcaattcttgcagaggcttcattgctgtggtgtgtttgaaattgtactcattaatcactaaattaccag

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