Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGCCAACAAGCGCAACAACAACTGGTTACCTCCCCCATGGGCAATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAGgtgcatgtcaaccgtactcgtctgctgtatatttttctagctttggttatccttctttgtttttttcttgctcttaacttgcatcttgctcctctaataa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G01230.1
intron # 21
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA07G01230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 21
lower sequence: Vv09s0002g02200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 21
GAGGCCAACAAGCGCAACAACAACTGGTTACCTCCCCCATGGGCAATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAGgtgcatgtcaac-cgtactcgtctgctgtatatttttct-----agctttggttatccttctttgtttttttcttgctcttaacttgcatcttgctcctctaataa--
|| ||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||   |  |||   ||    |  || | ||  |     |||||     || |  ||||||||    || | | |||| |  | |     | ||  |      
GAAGCCAACAAGCGTAATAACAACTGGTTACCACCTCCATGGGCAATTGTTGCTATGGTCGTCCTGGGATTCAATGAATTTATGACACTTCTAAGgtacttgtttgcatgtaactgtggaatcgatttgttggtgtacaagcttccaagattcccctttgtttgccgctgggttttaattatcttagcatttcttcatggcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18692692|gb|BM521540.1|BM521540
EST:     ATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAG                         AAATCCCTTGTATTTGGGTGTCATCTTTG
genomic: ATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAGgtgcatgtca ... tccgtggcagAAATCCCTTGTATTTGGGTGTCATCTTTG
EST: gi|192301893|gb|FG995511.1|FG995511
EST:     ATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAG                         AAATCCCTTGTATTTGGGTGTCATCTTTGTTGGTTTTCTTCTCATTAAAGC
genomic: ATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAGgtgcatgtca ... tccgtggcagAAATCCCTTGTATTTGGGTGTCATCTTTGTTGGTTTTCTTCTCATTAAAGC
EST: gi|193703948|gb|FK646960.1|FK646960
EST:     ATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAG                         AAATCCCTTGTATTTGGGTGTCATCTTTGTTGGTTTTCTTCTCATTAAAGC
genomic: ATAGTTGCTTTGGTTATCCTGGGATTTAATGAATTTATGACACTTCTAAGgtgcatgtca ... tccgtggcagAAATCCCTTGTATTTGGGTGTCATCTTTGTTGGTTTTCTTCTCATTAAAGC