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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttagtttatgagaatgcattgattcagttagaatcattctgtccctttctctctttagtcaaatgtgatgaaatgtattctatttgttggtttgctttgcttggtcaattctgttttctgaaactatttcattgtatgaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G41580.5
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G41580.5 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv06s0004g01860.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttagtttatgagaatgcattgattcagttagaatcattctgtccctttctctctttagtcaaatgtgatgaaatgtattctatttgttggtttgctttgcttggtcaattctgttttctgaaactatttcattgtatgaag
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GTGCACTTTTTGTAATTCTTAATGAGACTCCCAACCTGAAGATGCTTGGGCTTTTACAGgtaatgttcag--agggtaaaccctccagttctcaagtaaaaagttgt--ttgtctattctcag--aatactaatcactggggtatcactagtccctttttttttt-----------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192300198|gb|FG989320.1|FG989320
EST:     TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAG                         GGTTTTGCTGCTGG-TTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
genomic: TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttag ... ttgtatgaagGGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
EST: gi|298174471|gb|HO014616.1|HO014616
EST:     TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAG                         GGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
genomic: TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttag ... ttgtatgaagGGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
EST: gi|213617692|gb|DB967222.1|DB967222
EST:     TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAG                         GGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
genomic: TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttag ... ttgtatgaagGGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
EST: gi|298198295|gb|HO039834.1|HO039834
EST:     TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTAAAGATGCTTGGGCTATTACAG                         GGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
genomic: TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttag ... ttgtatgaagGGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
EST: gi|192323380|gb|FK017081.1|FK017081
EST:     TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAG                         GGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
genomic: TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttag ... ttgtatgaagGGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
EST: gi|298167335|gb|HO010774.1|HO010774
EST:     TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAG                         GGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC
genomic: TTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttag ... ttgtatgaagGGTTTTGCTGCTGGTTTGATGCTTAGCATATCGTTCTTTGATTTGGCTCAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GTGCACTTTTTGTAATTGTTAATAAAGCTCCCAGTTTGAAGATGCTTGGGCTATTACAGgtagttttagtttatgagaatgcattgattcagttagaatcattctgtccctttctctctttagtcaaatgtgatgaaatgtattctatttgttggtttgctttgcttggtcaattctgttttctgaaactatttcattgtatgaag

- - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG