Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACACCAACCACTCTATCAATGGCTATTCCATCAGAACTCGCTGGTGCTGTACCCTTGATTGATAGATTCCAGgttggactattcataattttcttaaatagttttgcttccctagcaatatgtgtctcaatgagttttgtccaagttcttgcatcaatggtagtttttagtttctagggttaattatgtgcatgatcatttgttatctgaatgttgtatgttatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G09480.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA11G09480.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv04s0044g02020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
TACACCAACCACTCTATCAATGGCTATTCCATCAGAACTCGCTGGTGCTGTACCCTTGATTGATAGATTCCAGgttgga-----------ctattcata-attttcttaaatagttttgcttccctagcaatatgtgtctcaatgagttttgtccaagttc------ttgcatcaatggt-agtttttagtttctagggttaa-ttatgtgcatgatca--tttgttatctgaatgttgtatgttatag
|||||||    |  | ||    ||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||           |||| |||  | |     | | |    |||||||  | | |  | ||  | ||  | ||||||   | |        ||| ||| ||  | || |||||| || |  | ||||  | |||  |   |    |||||| | |  |  || |   || |||
TACACCAGGGTCATTGTCGGCAGCTATTCCAGCAGAACTTGCTGGAGCCATACCCTTGATTGATAGATTTCAGgtgggaaaagataacttctatgcatgtaatacaacagaaaaaactgcttccaaatccacctttga-ttaactatttttgtaacaatagaatgagttgaatccatattgagcttttagattttttgtttaaactctgtaaacctttgattttgttgtattcaatttttccatt-tag