Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatctcttctctgtgttaattttgagcattttccacctcccttttggtctcctaattgttgaaaaattattgtatagtctgaaatcatatgatct...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G20830.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9203736|gb|BE329960.1|BE329960
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|9264571|gb|BE352718.1|BE352718
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|9819913|gb|BE555356.1|BE555356
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|23052700|gb|BU577192.1|BU577192
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|9899967|gb|BE608935.1|BE608935
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|9899961|gb|BE608929.1|BE608929
EST:     GTTATGGGCA-CAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGG-CAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|120532624|gb|EH260757.1|EH260757
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|192294802|gb|FG987491.1|FG987491
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCCATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|11688767|gb|BF596443.1|BF596443
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|21677414|gb|BQ629765.1|BQ629765
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|151405122|gb|EV274936.1|EV274936
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|9259419|gb|BE347566.1|BE347566
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|192303149|gb|FG997725.1|FG997725
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|8403032|gb|BE058666.1|BE058666
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|9203371|gb|BE329657.1|BE329657
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|192303148|gb|FG997724.1|FG997724
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|21887742|gb|BQ740955.1|BQ740955
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|6726886|gb|AW311166.1|AW311166
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|16346227|gb|BI971822.1|BI971822
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|7796343|gb|AW781740.1|AW781740
EST:     AAGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: AAGTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|11412475|gb|BF424486.1|BF424486
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|151403238|gb|EV273048.1|EV273048
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|192299215|gb|FG988673.1|FG988673
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|33388516|gb|CA851723.1|CA851723
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|15815568|gb|BI787843.1|BI787843
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
EST: gi|22522146|gb|BU080957.1|BU080957
EST:     GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGA                         AGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC
genomic: GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatct ... taatttgcagAGGAGTTATGGACCTGGGAGTCTAAAGACCTCAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTATGGCAACAGATTCTGCCTATCACTTGGATGGAgtgagtatctcttctctgtgttaattttgagcattttccacctcccttttggtctcctaattgttgaaaaattattgtatagtctgaaatcatatgatct

- - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctccctt