Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATGCCTATATGTGAAGCATTTGCTCAGATAGAGCAGCAACCCAACTTATACGATGTGGTGCATGTGAAGTATTTTGATGAGgtttgtcacatatgattatcacttaacaccttgtcagttgtgtcgtctatgattttgtgtgaacttgaacgagtaattgactgtctgcttcacgcaggttactactatctgtggctttgcgttttattttttaagagattcttgacttcttctactttatgcacatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G37380.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA01G37380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G51130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GGATGCCTATATGTGAAGCATTTGCTCAGATAGAGCAGCAACCCAACTTATACGATGTGGTGCATGTGAAGTATTTTGATGAGgtttgtcaca---tatgattatcacttaacaccttgtcagttgtgtcgtctatgattttgtgtgaacttgaacgagtaattgactgtctgcttcacgcaggttactactatctgtggctttgcgttttattttttaagagattcttgacttcttctactttatgcacatgcag
| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| || ||||| || || |  || |||||||||   |    | |  |   | |  | || |  |   |           | ||| | |||  | ||       | |||  | || ||| ||| ||||                                                                         
GAATGCCGATTTGTGAAGCATTTGCTCAAATAGAGCAGCAGCCTAACATATATGATGTTGTTCATGTTAAATACTACGACGAGgtttgtactaggtcacggattgtattagatacttcttttatccaacttatcttcattgtttgttgagttttct--atgatt--ccgt-tgcctcatgcag-------------------------------------------------------------------------