1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
GACTAATTTGATGAAGCTCCGTTCTGATTATAAGGATGCTTTTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttctaattactgaaatataaactagctgggctttctcctttgatttcctcatactttttatggtctccatgttag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G46200.1 |
intron # | 12 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: NTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGATEST: gi|192317500|gb|FK007538.1|FK007538
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCGTTGATEST: gi|12688362|gb|BG154698.1|BG154698
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTNTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGATEST: gi|6913780|gb|AW395310.1|AW395310
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCGAATTGGTGCTTATGTCTGGCTGTGTCAAA GCTGCTGTCGATGCACTGCGACATCAEST: gi|151411405|gb|EV281216.1|EV281216
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCA
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGATEST: gi|13180740|gb|BG352080.1|BG352080
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGATEST: gi|192319332|gb|FK009874.1|FK009874
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCGTTGATEST: gi|192317501|gb|FK007539.1|FK007539
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
EST: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAA GCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCGTTGAT
genomic: TTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttc ... tccatgttagGCTGCTGTCAATGCACTCCAACATCAGCCGATTGTCAATGCAGTCATTGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GACTAATTTGATGAAGCTCCGTTCTGATTATAAGGATGCTTTTGTTGAAAAGCATGGAGTCAAATTGGGGCTTATGTCTGGCTTTGTCAAAgtatgttttctaattactgaaatataaactagctgggctttctcctttgatttcctcatactttttatggtctccatgttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA