Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAAgtatgttcttaaactgccattttatttgggccagttatatctttcctttgttatttactgttctctaagttatggatgatttatatctag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA10G37900.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA10G37900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
CATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAAgtatg--ttcttaaact-gccattttatt-tgggccag-----ttata---tctttcctttgtta---tttactgttctct-----aagttatgg--atgatttatatctag------
|| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||   ||||| || |||||||| || ||||||||||  |||||||||||  |||  ||||| |  |||| ||| | |||  |     ||| |   ||||| |||  |||   |||  || || ||     ||||| |||  |  || | |||  |       
CACAAGTGTGATCTCATCAACATGAGTTATGGAGAACCTACAATGCTGCCTGATTATGGACGATTTGTTGACCTTGTTAATGAAgtatgagttccaaaacttgatatttgattattggcatgatgatttacaaattcttttcttcattaatttttcatgctccctctattaagttgtggtgacaatgtttattaaacattag

upper sequence: GLYMA10G37900.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
lower sequence: PP1S2_123V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 11
-CATAAATGTGATCTTATCAATATGAGTTATGGTGAGCCTACATCACTGCCAGACTATGGACGGTTCGTTGACCTTGCGAATGAAgtatg-ttcttaaactgccattttatttgggccagttatatct-ttcctttgttatttactgttctctaagttatggatgatttatatctag--------
 || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||| ||||| ||||||| || ||  |  | || ||  | || |||   |||||      || |     |       |  || ||  || |||    |  | ||||||     | ||   || || | | |            
ACA-AAATGTGATCTTATAAACATGAGTTATGGAGAGCCGACCTCAATGCCAAACTATGGTCGTTTTATCCAACTAGCTGAAGAGgtacaattcttctctcaccctagcgataaactttgagatctcaattacttgaaaagctgctgttcgtgttggtaaacatcatgtctcttccatatcttat