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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAATCCAATGGCGGATACCTCAAGCCGATCAAGAGACCTCGACAAGCTCCTTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAGgtacctactccttcatctattcctattcctactctctctctctctctctctataccttttctctgtcgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA07G38770.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193362644|gb|FK327386.1|FK327386
EST:     TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAG                         TTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAA-GTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
genomic: TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAGgtacctactc ... tctgtcgcagTTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
EST: gi|193354995|gb|FK321246.1|FK321246
EST:     TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAG                         TTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCACCAAAGTGTTGGTGGGTTGGGGCTGG
genomic: TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAGgtacctactc ... tctgtcgcagTTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGG-TTGGGGCTGG
EST: gi|298187660|gb|HO034809.1|HO034809
EST:     TTCTCCGCCCTGGCAACCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAG                         TTGCGGGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
genomic: TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAGgtacctactc ... tctgtcgcagTTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
EST: gi|254322096|gb|GR837510.1|GR837510
EST:     TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAG                         TTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
genomic: TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAGgtacctactc ... tctgtcgcagTTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
EST: gi|17024070|gb|BM095104.1|BM095104
EST:     TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAG                         TTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT
genomic: TTCTCCGCCCTGGCAATCTCGTCGGTCCTAGGTTCGAACCTGGCCCTGAGgtacctactc ... tctgtcgcagTTGCGAGATGACCTTCAGGCCTTCGCCAAAGTGTTGGTGGTTGGGGCTGGT