1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
TGCAAAGTCAAATTACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctcacccaaaaaaaattgaataatttgttactttgcattctttcaaaagagaccttcagctactaaactgataaagatattcatataggatga...
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G50850.1 |
intron # | 8 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAG TGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTEST: gi|125135245|gb|EL175673.1|EL175673
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctc ... tatcttgtagTGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCT
EST: GGAGCTCAACATTCTCAG TGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCGEST: gi|125156537|gb|EL186100.1|EL186100
genomic: GGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctc ... tatcttgtagTGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCG
EST: CTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAG TGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCEST: gi|124868143|gb|EH952580.1|EH952580
genomic: CTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctc ... tatcttgtagTGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCT-GGTTTGAAAGTCCTTGCTCC
EST: AGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAG TGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCEST: gi|125148026|gb|EL181945.1|EL181945
genomic: AGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctc ... tatcttgtagTGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCC
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EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAG TGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCGEST: gi|116376968|gb|EG419560.1|EG419560
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctc ... tatcttgtagTGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCG
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAG TGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCG
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctc ... tatcttgtagTGCTATGCAGCGTGGTATGCCTCAGTTCCTGGTTTGAAAGTCCTTGCTCCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCAAAGTCAAATTACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaacgctcacccaaaaaaaattgaataatttgttactttgcattctttcaaaagagaccttcagctactaaactgataaagatattcatataggatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgctcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaaagag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gataaaga