Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTATCGAAAAGGGATGGTACGATGGTATCAGCATTGCTTTTGCCGTTCTTCTTGTCATTGTGGTGACAGgtattgatattccttgctgatttcactcatacaagtgactgctgcgtgtattgtactaatttgtatacctcttcccttggcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G29900.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G29900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA17G06520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GGTATCGAAAAGGGATGGTACGATGGTATCAGCATTGCTTTTGCCGTTCTTCTTGTCATTGTGGTGACAGgtattgatat----tccttgctgatttcac---tcatacaagtgact-gctgcgtgtattgtactaatttgtatacctcttcc-cttggcag--------
|||||  |  | |||||||| || ||    |||||||||||||| ||| ||||||| ||| | || ||||||||||||||     | |||   | || |     |||  |||    | | | | ||  ||    |  |   | |   | |||   |||  |         
GGTATTAAGGAAGGATGGTATGACGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTATTCTTGTTATTCTTGTTACAGgtattgatatagtgcctttggaaagttgataatgcattaaagcatttagttacatgctttaagattctgcttctgaattttctatttgatataaaatgca

upper sequence: AT4G29900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA09G06890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GGTATCGAAAAGGGATGGTACGATGGTATCAGCATTGCTTTTGCCGTTCTTCTTGTCATTGTGGTGACAGgtattgatattccttgctgatttcactcataca-agtgactgctgcgt--gtattgtactaatttgtatacctcttcccttggcag--------------
|||||| |  | |||||||| |||||    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||||    |  |||  | |  |   |  | || ||||   | |   |  || ||  |||   || |  |  |    | |||  |               
GGTATCAAGGAAGGATGGTATGATGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTATTCTTGTTATTGTTGTTACAGgtattatattggctttgtaaggtatatagtgcatagtgttagtttacttggtctttgactctattttgaaatttcctctttgataaatctttggtgtaat

upper sequence: AT4G29900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA15G18180.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
GGTATCGAAAAGGGATGGTACGATGGTATCAGCATTGCTTTTGCCGTTCTTCTTGTCATTGTGGTGACAGgtattgatattccttgctgatttcactcatacaagtgactgctgcgtgtattgtactaat-ttgtatacctcttcccttggcag----------------
|||||| |  | |||||||| |||||    |||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||||    |  |||  | |  |   | || ||      |  |     | || |   | | || |     |    | |||  |                 
GGTATCAAGGAAGGATGGTATGATGGGGGAAGCATTGCTTTTGCAGTTATTCTTGTTATTGTTGTTACAGgtattatattggctttgtaaggtatataatgcattgtgttagtttacttgttctttgactgttttgcgatttcctctttgataaatctttggtgtaatct