Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGGTATAATTGATCCTGATTGCAGAGTAATTGGTCTGCATCTGTATGACGGCTTGTTTAAGgtatagtatgctagtttgctgtccatatcatattactgaacttccattgatcaattatatgattctatttcttgggttcctcggttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G21100.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G21100.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv10s0003g04360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
ATTGGTATAATTGATCCTGATTGCAGAGTAATTGGTCTGCATCTGTATGACGGCTTGTTTAAGgtatagtatgctagtttgctgtccata--tcatattactgaacttccattgatcaattatatgattctatttcttgggttcctcggttag-------------------------------------------------------------
||||| || |||||||||||||||||| ||||||| || ||| | ||||| || || |||||||||| |||  |  |  |||||   |||  |  |||     | | ||| ||      || ||||  | | || ||| |      |  | ||                                                             
ATTGGAATTATTGATCCTGATTGCAGATTAATTGGACTTCATTTATATGATGGATTATTTAAGgtat-gtagtcctgactgctgattataacttttatattctatcctcctttttgtgtttttatgcctgt-ttgcttagagattccaataagtttttagatttactaatgctttagaatttgaagaattatcatcacaagtttgtttctttag