Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATGCTTGCAAAACCAACCAAAGGTGTAGCTGAGATACTGAATAAATTCCAGGACATCGTTTTCACATGTGAATACAAATATGATGGGGAACGTGCACAGgtgatatttggtgtctactgaattaggatgaatgctattcttagatatgagttatttaaatatggtatggcttatcatcaatcaatttctgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G08130.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G08130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G19880.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CATGCTTGCAAAACCAACCAAAGGTGTAGCTGAGATACTGAATAAATTCCAGGACATCGTTTTCACATGTGAATACAAATATGATGGGGAACGTGCACAGgtgatattt-ggtgtctactgaattaggatgaatgctattcttagatatgagttatttaa-atatggtatggcttatcatcaatcaatttctgcag-----
 |||||  ||||  |||| || |||||| |||| || || ||||||||||||||  | |  || || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||      | ||   |  || |  |||||  |       || | |   |     | ||||     |||  |  ||     ||    ||      
TATGCTGTCAAAGGCAACAAAGGGTGTATCTGAAATTCTAAATAAATTCCAGGATGTGGAGTTTACCTGTGAATACAAATATGATGGAGAGCGTGCCCAGgtgatacttcaacaacaacaacaacagcaacaatgccttatcccactaggtggggtcggctacatggatcaactt-ccgccataatgttctatcaagtacc

upper sequence: AT1G08130.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: Vv06s0061g00690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
CATGCTTGCAAAACCAACCAAAGGTGTAGCTGAGATACTGAATAAATTCCAGGACATCGTTTTCACATGTGAATACAAATATGATGGGGAACGTGCACAGgtgatatttggtgtctac-tgaattaggatgaatgctattcttagatatgagttatttaaatatggtatggcttatcatcaatcaatttctgcag
 ||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||  |  ||||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |   |   ||    | ||  | | | || |  || | | | | |  | ||     ||| |||| || ||  |||  |||     ||||
TATGCTAGCAAAACCAACCAAGGGGGTATCTGAAATCATTGATAAATTCCAGGATATGGAATTCACCTGTGAATACAAATATGATGGAGAACGTGCTCAGgtaatagtacctagataaaccacttctgtttactgtttctccttg-tgttatatgttc---catgctatgact-atgttcatccaa-----gcag