1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
TGAGATGCAAGGGTCTGAGGCTTTCATTCGGCAACCTGATGGGTTATTATTCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttccatctctctaaaacatctgtctttatcgtgaatttaactattaactcaattttgattgcgttagtgtgtcagtttacagtgtacttgatttatgacatagcaaatgaactcttgagttacag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G73020.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116423945|gb|EG466537.1|EG466537
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116436462|gb|EG479054.1|EG479054
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116436358|gb|EG478950.1|EG478950
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116436360|gb|EG478952.1|EG478952
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116436459|gb|EG479051.1|EG479051
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116457900|gb|EG500492.1|EG500492
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTTEST: gi|116435864|gb|EG478456.1|EG478456
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
EST: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATT GTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
genomic: TCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttcca ... tgagttacagGTAAACTCTGGTGGACACGATGTCACTCTGAAACTTGACGGCAGAGAGTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAGATGCAAGGGTCTGAGGCTTTCATTCGGCAACCTGATGGGTTATTATTCAGCTGGTTTGAACGTTTTCGGTGCTATCAACATCTTATTTATGGAATTgtaagttccatctctctaaaacatctgtctttatcgtgaatttaactattaactcaattttgattgcgttagtgtgtcagtttacagtgtacttgatttatgacatagcaaatgaactcttgagttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG