Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAGCTCAATGCAATGATCCATATGACTCTCTGTTTTGACGAAGGAACTGGTAATCAAATGACCGGAGGGTTCTTGACTGATAGGCAGGCTTCATATGGgttagatttcttgtttttaaaagatttgaatatgacattctatgtagcttatatgttctttgcttgataggcattcaactttttaacaattttcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G25970.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT4G25970.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA15G05680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
ACAAGCTCAATGCAATGATCCATATGACTCTCTGTTTTGACGAAGGAACTGGTAATCAAATGA---CCGGAGGGTTCTTGACTGATAGGCAGGCTTCATATGGgttagatttcttgtttttaaaagatttga--atatgacattctatgtagcttatatgttctttgcttgataggc-attcaactttttaacaattttcag---------------------------------------------
   || | ||    ||||||||  | ||||| |||||||| ||||| |||||||| ||  |||   | ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||     || |   |||  |  ||| |  ||   |   ||| ||    || ||  | | || |   || |     ||| |     |  ||                                             
---AGTTGAACAGCATGATCCACTTAACTCTTTGTTTTGATGAAGGGACTGGTAACCAGGTGATGGCTGGAGGATTCTTGACAGATAAGCAGGCTTCATATGGgt-aaatttctgcaagtttaggcattgaatgatagggtatgagagagagcataagctttattgacctaatggattataccctagttttatggactatagttatgtaatttgtatcataagaaaataaaaatcacttttgtatag

upper sequence: AT4G25970.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv12s0055g00710.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
ACAAGCTCAATGCAATGATCCATATGACTCTCTGTTTTGACGAAGGAACTGGTAATCAA---ATGACCGGAGGGTTCTTGACTGATAGGCAGGCTTCATATGGgttagatttcttgtttttaaaagatttgaatatgacattctatg-tagcttatatgttctttgcttgataggcattcaactttttaacaattttcag
   |||| ||    ||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||| || ||    ||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| | |  | |||||  |       ||    || |  |   ||  |  | |   | |    ||     ||    |  |  | | ||           
---AGCTGAACAATATGATTCATATGAACCTATGTTTTGACGAAGGGACTGGAAACCAGGTTATGACTGGAGGGTTTTTGACTGATAAACAGGCTTCATATGGgtaaaaact-ttgttcatgttgatcttttggattatctatcataatgtcatgattatgaactgaaaagtaaaattctatttctctag----------