Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCAGTCACTAATATCTTTGTCGGTCACATCGGCGAAGTCGAGCTCTCCGCCGTCTCTATCTCTCTTTCCGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTGgtattactctctttcactctctagcttcatttttttactgttgtaactttcgaatcgagaaatttactgtgaaaatgaatcaagagaacatacagaggaattataagttctgtttttggttttgaatccttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G25640.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124748730|gb|EH838860.1|EH838860
EST:     CTCTTTCCGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTG                         CTTGGTATGGGAAGTGCTCTTGAAACATTATGTGGTCAAGCATATGGAGCT
genomic: CTCTTTCCGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTGgtattactct ... atccttgcagCTTGGTATGGGAAGTGCTCTTGAAACATTATGTGGTCAAGCATATGGAGCT
EST: gi|124755543|gb|EH845673.1|EH845673
EST:     CCGTCTCTATCTCTCTTTCCGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTG                         CTTGGTATGGGAAGTGCTCTTGAAACATTATGTGGTCAAGCAT
genomic: CCGTCTCTATCTCTCTTTCCGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTGgtattactct ... atccttgcagCTTGGTATGGGAAGTGCTCTTGAAACATTATGTGGTCAAGCAT
EST: gi|124958047|gb|EL032822.1|EL032822
EST:     CGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTG                         CTTGGTATGGGAAGTGCTCTTGAAACATTATGTGGTCAAGCATATGGAGCT
genomic: CGTCATCGGTACCTTCTCCTTCGGTTTCTTGgtattactct ... atccttgcagCTTGGTATGGGAAGTGCTCTTGAAACATTATGTGGTCAAGCATATGGAGCT